過去に指定されていた天然記念物
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「鳥類天然記念物一覧」の記事における「過去に指定されていた天然記念物」の解説
諫早市オシドリ渡来地〔長崎県〕：昭和34年指定解除。 キタタキ生息地〔長崎県〕：昭和47年指定解除。 野田のサギおよびその繁殖地(特別天然記念物)〔埼玉県浦和市〕：昭和59年指定解除。周囲の都市化によりサギが消滅。特別天然記念物で唯一の解除事例である。（「見沼#現代の見沼」も参照） 猿賀のウおよびサギ繁殖地〔青森県尾上町〕：昭和59年指定解除。 川下麻里布 シラサギ渡来地〔山口県岩国市〕：平成5年指定解除。 小友ハクチョウ渡来地〔岩手県陸前高田市〕：昭和16年第二類（地方的なもの）として指定。他の第二類の天然記念物と同様、昭和31年（1956年）1月23日に指定解除。
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過去に指定されていた天然記念物
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「魚類天然記念物一覧」の記事における「過去に指定されていた天然記念物」の解説
浄ノ池特有魚類生息地（静岡県伊東市）：昭和57年指定解除。狩野川台風により埋没、温泉噴出が停止。生息していた毒魚も死滅した。
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過去に指定されていた天然記念物
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「地質・鉱物天然記念物一覧」の記事における「過去に指定されていた天然記念物」の解説
田辺の鬼橋岩〔和歌山県田辺市〕：昭和60年指定解除。浸食によって出来た巨大な岩橋だったが、崩落の危険性の為撤去された。
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過去に指定されていた天然記念物
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「植物天然記念物一覧」の記事における「過去に指定されていた天然記念物」の解説
根岸御行松（東京都下谷区中根岸町） - クロマツ。大正15年指定、のち枯死、昭和3年指定解除。 二十世紀梨原木（千葉県松戸市） - 昭和10年指定。昭和22年枯死。 馬宮村桜草自生地（埼玉県さいたま市） - 昭和9年5月指定。戦後の食糧難に伴う開墾により消滅。昭和27年10月指定解除。 開成山の桜（福島県郡山市） - 彼岸桜、山桜、染井吉野など。昭和9年5月1日指定。スポーツ施設建設のため昭和35年9月17日指定解除。 緩木神社の松（大分県竹田市） - クロマツ。昭和12年指定、のち枯死。昭和51年3月12日指定解除。 銀杏岡のイチョウ（岩手県花巻市） - 昭和6年指定。台風による大きな被害を受けたため昭和48年4月6日指定解除。（後に花巻市指定天然記念物となる） 関の五本マツ（島根県松江市） - クロマツ。昭和18年指定。度重なる倒木で残り1本となったため昭和46年10月8日指定解除。 佐賀の夫婦松（山口県熊毛郡平生町） - アカマツとクロマツの連理。昭和5年11月指定。昭和49年マツ材線虫病により枯死。昭和51年指定解除。 千手のマツ（兵庫県南あわじ市） - 大正15年指定。昭和52年枯死、指定解除。 塩山の大ブドウ（山梨県甲州市） - 昭和28年11月14日指定。枯死により昭和52年7月28日指定解除。 北般若の毘沙門スギ（富山県高岡市） - 大正13年指定。昭和54年9月台風により倒壊し、同月内に指定解除。 上人マツ（山口県柳井市） - クロマツ。昭和35年指定。枯死、昭和52年3月15日指定解除。 宇谷の連理根上りマツおよび根上りマツ（鳥取県東伯郡湯梨浜町） - クロマツ。昭和18年指定。枯死、昭和55年4月3日指定解除。 小原のサイカチ（宮城県白石市） - 昭和17年7月21日指定。枯死により昭和56年5月11日指定解除。 神明宮の大スギ（長野県大町市） - 昭和19年6月26日指定。枯死により昭和56年7月8日指定解除。 与力マツ（愛媛県松山市） - クロマツ。昭和22年2月23日指定。マツ材線虫病により昭和56年7月8日指定解除。 下野の女夫マツ（岐阜県中津川市） - アカマツの連理木。昭和6年7月31日指定。枯死により昭和63年指定解除。 天蓋松（広島県福山市） - 樹齢630年。平成4年頃マツ材線虫病により枯死した。 松之山の大ケヤキ（新潟県十日町市） - 樹齢1900-2000年。枯死のため平成8年に伐採。 利賀のトチノキ（富山県南砺市） - 平成10年に枯死により伐採。 高津連理の松（島根県益田市） - マツ材線虫病により枯死。平成10年1月指定解除。 手野のスギ（熊本県阿蘇市） - 平成3年9月、台風により折損。平成12年5月19日指定解除。 鳴門の根上りマツ（徳島県鳴門市） - 平成11年、最後の一本が枯死。平成12年5月19日指定解除。 小浜神社の九本ダモ（福井県小浜市） - 平成15年枯死。平成16年5月21日指定解除。 甲西の大カシワ（山梨県南アルプス市） - 昭和58年12月15日指定。台風により倒壊し平成18年指定解除。 万休院の舞鶴マツ（山梨県北杜市） - 平成19年9月にマツ材線虫病により枯死。平成20年7月28日指定解除。 タチバナ（高知県室戸市） - 枯死、消滅により平成20年7月28日指定解除。 共和のカシの森（山口県美祢市） - 平成20年2月主幹折損。平成21年7月23日指定解除。 淡路国道マツ並木（兵庫県南あわじ市） - 1980年代に滅失。平成22年8月5日指定解除。
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