パラメータ化
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/01/26 10:04 UTC 版)
ポテンシャルの関数型に加えて、力場はそれぞれの原子の種類のための一連のパラメーターを定義する。例えば、力場はカルボニル基やヒドロキシ基中の酸素原子のための異なるパラメーターを含んでいる。典型的なパラメータセットは個別の原子について原子質量、ファンデルワールス半径、部分電荷の値を、結合した原子のつながりについて結合長、結合角、二面角の平衡値を、それぞれのポテンシャルについての有効バネ定数に対応する値を含む。現在のほとんどの力場は、それぞれの原子の電荷に局所的な静電環境によって影響されない単一の値が割り当てられている「固定電荷」モデルを用いている。次世代の力場では、近隣の原子との静電相互作用によって粒子の電荷が影響を受ける分極性モデルが取り込まれている。例えば、分極性は誘起双極子を導入することによって近似できる。また、ドルーデ粒子（それぞれの分極可能原子にバネ様の調和ポテンシャルによってつながれた質量のない電荷を持つ仮想部位）によって表現することもできる。一般的に使用される力場への分極性の導入は局所的静電場の計算に関連する高い計算コストによって阻害されてきている。 多くの分子シミュレーションがタンパク質、DNA、RNAといった生体高分子を含むが、任意の原子の種類についてのパラメータは実験的研究および量子計算によってより扱いやすい小さな有機分子の観測から一般に得られている。種々の力場は、気化のエンタルピー（OPLS）や昇華のエンタルピー、双極子モーメント、様々な分光学的パラメータといった異なる種類の実験データから得ることができる。パラメータセットおよび関数形式は自己無撞着となるように力場開発者によって定義される。ポテンシャル項の関数形式は非常に類似した力場間（あるいは同じ力場のバージョン間）でさえも大きく異なっているため、ある力場からのパラメータは異なる力場からのポテンシャルと共に決して用いてはならない。
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パラメータ化
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2022/05/03 09:24 UTC 版)
Word2vecの訓練の結果はパラメータ化の影響を受ける場合がある。以下に、いくつかの重要なパラメータを列挙する。
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パラメータ化
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/02/18 08:54 UTC 版)
複数のOPLSパラメータ群が発表されている。OPLS-ua (united atom) は、炭素パラメータ中に炭素結合の隣の水素原子を近似的に含み、シミュレーション時間を節約するために使うことができる。OPLS-aa (all atom) は、全ての原子をあらわに含む。より新しいパラメータ群には、その他の具体的な官能基や炭水化物といった分子の種類のためのパラメータが含まれている。水溶液中でのOPLSシミュレーションでは通常TIP4PあるいはTIP3P水模型が使われる。 OPLSパラメータの際立った特徴は、密度や気化熱といった液体の実験的性質と、加えて気相での結合角のねじれに合うように最適化されていることである。
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パラメータ化
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2022/03/02 15:56 UTC 版)
確率密度関数または確率質量関数を任意の媒介変数でパラメータ化することがしばしばある。例えば、正規分布の密度は平均 μ および分散 σ2 を用いて下記のように表現できる。 f ( x ; μ , σ 2 ) = 1 σ 2 π exp [ − 1 2 ( x − μ σ ) 2 ] . {\displaystyle f(x;\mu ,\sigma ^{2})={\frac {1}{\sigma {\sqrt {2\pi }}}}\exp {\biggl [}-{\frac {1}{2}}\left({\frac {x-\mu }{\sigma }}\right)^{2}{\biggr ]}.} このとき密度の族の定義域と族のパラメータの定義域との違いに留意することが重要である。パラメータの値が異なると、同じ標本空間（変数が取り得る全ての値の集合で、同一である）に属する異なる確率変数の分布を表現することになる。その標本空間は、その分布の族が示している確率変数の族の定義域である。与えられたパラメータの集合は、そのパラメータを用いた共通の関数として確率密度関数を記述できる確率分布族の内の1つを指す。確率分布の観点からすると、パラメータは定数なので、確率密度関数に変数を含まずパラメータのみを含む場合、パラメータは分布の正規化係数（英語版）（定義域全域での確率=1になる様に調整する係数）の一部を成す。この正規化係数は分布のカーネル（英語版）外にある。 パラメータが定数なので、さらに異なるパラメータで再パラメータ化して族の中に他の確率変数を位置付けることは、単に古いパラメータを捨てて式の中に新しいパラメータを置くだけに過ぎない。しかし、確率密度の定義域を変更することには慎重さが必要で、作業量が多くなる。下記の#従属変数と変数変換欄を参照。
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