グラフ理論に基づいた記法の定義とは? わかりやすく解説

Weblio 辞書 > 辞書・百科事典 > ウィキペディア小見出し辞書 > グラフ理論に基づいた記法の定義の意味・解説 

グラフ理論に基づいた記法の定義

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2021/08/20 17:56 UTC 版)

SMILES記法」の記事における「グラフ理論に基づいた記法の定義」の解説

グラフ理論に基づくコンピュータ処理観点では、SMILES分子グラフ英語版)を深さ優先走査して、節点原子)と辺(結合)を表現する文字列である。分子グラフ構築では、まず系の水素原子取り除き(ただし不斉中心を除く)、環を形成しているところは切り開いて全域木spanning tree)に変換する。環を開いたところに数字ラベル付け後置)して、つながっていた節点同士を示す。丸括弧parenthesis, ())は木が分枝している場所を表すのに使用する原子角括弧bracket, [])でくくられるが、organic subset、すなわち B, C, N, O, P, S, F, Cl, Br, Iいずれかで、形式電荷持たず同位体陽に指定する必要がなく、かつ不斉中心ない場合は[]を省略してもよい。この場合原子価基づいて水素暗黙的に付加しているものとみなされる。たとえばO、Nはそれぞれアンモニアである(水素陽に書くと[H]O[H]などになるが、このように書かれることはほとんどない)。形式電荷持っている場合は+-と数字後置する(たとえばアンモニウムイオンは[NH4+]、 (II) は[Fe+2])。同位体陽に指定する場合質量数整数で前置する(たとえば炭素14は[14C])。不斉中心については後述する。 結合一重から順に-、=、#で、芳香環1.5結合)では:で表される(ただし一重結合-は通常省略される)。OpenSMILES 拡張四重結合は$ である。二重結合=につながっている一重結合向きを/、\で表すことでシス-トランス異性体区別する。たとえばC/C=C\C、C/C=C/Cそれぞれシス・トランス2-ブテンである。結合がないことは.で表現される(たとえば過酸化水素OO対しO.Oは2分子)。 環構造ではつながっている原子後ろ数字ラベル付けする。たとえばプロパンシクロプロパンSMILESで表すとそれぞれCCC、 C1CC1となる。ラベル数字1つ原子1つ原則だが、あるラベルがすでに2箇所現れその2箇所ペアが同一原子であることを示す役目終えた場合は、その数字別のペアのために再利用してもよいラベル一桁数字みなされ、たとえばC12ラベル1、2つながっている炭素である。二桁ラベルを表すには%を前置する(たとえばC%12ラベル12)。 芳香環構成する原子炭素窒素酸素リン硫黄ヒ素セレン;OpenSMILES 拡張ではさらにホウ素)は小文字にする。例えシクロヘキサンC1CCCCC1に対しベンゼンはc1ccccc1である。芳香環結合一重二重結合で表すこと(ベンゼンを1,3,5-シクロヘキサトリエンのようにC1=CC=CC=C1)をケクレ化 (英語: kekulization) とよぶことがある不斉中心には@または@@を後置し、根の方向から見てそれぞれ左回り右回り後続原子団並んでいることを表す(@が左回りのため)。たとえばS-アラニンのSMILESは、アミノ基を根にするとN[C@@H](C)C(=O)Oである(N[C@@]([H])(C)C(=O)Oのように書いてもよい)。 ある系についてのSMILESは必ずしも一意定まらず、たとえばS-アラニンは上記SMILESだけでなく、C[C@H](N)C(=O)O、C[C@@H](C(=O)O)N、OC(=O)[C@H](C)Nなどでも表すことができる。そのため、あるアルゴリズム基づいて系に対し一意になるよう変換したものを、正規化された(canonicalSMILESと呼ぶ。ただし、データベースプログラムによってはアルゴリズムが違うことがある化学反応原系>>生成系または原系>触媒など>生成系表される。たとえばプロペン付加してプロパン-2-オールができる反応CC=C.O>>CC(O)Cである。 詳細についてはやを参照すること。

※この「グラフ理論に基づいた記法の定義」の解説は、「SMILES記法」の解説の一部です。
「グラフ理論に基づいた記法の定義」を含む「SMILES記法」の記事については、「SMILES記法」の概要を参照ください。

ウィキペディア小見出し辞書の「グラフ理論に基づいた記法の定義」の項目はプログラムで機械的に意味や本文を生成しているため、不適切な項目が含まれていることもあります。ご了承くださいませ。 お問い合わせ



英和和英テキスト翻訳>> Weblio翻訳
英語⇒日本語日本語⇒英語
  

辞書ショートカット

すべての辞書の索引

「グラフ理論に基づいた記法の定義」の関連用語

1
34% |||||

グラフ理論に基づいた記法の定義のお隣キーワード
検索ランキング

   

英語⇒日本語
日本語⇒英語
   



グラフ理論に基づいた記法の定義のページの著作権
Weblio 辞書 情報提供元は 参加元一覧 にて確認できます。

   
ウィキペディアウィキペディア
Text is available under GNU Free Documentation License (GFDL).
Weblio辞書に掲載されている「ウィキペディア小見出し辞書」の記事は、WikipediaのSMILES記法 (改訂履歴)の記事を複製、再配布したものにあたり、GNU Free Documentation Licenseというライセンスの下で提供されています。

©2025 GRAS Group, Inc.RSS