超可変領域とは? わかりやすく解説

超可変領域

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2021/10/16 22:38 UTC 版)

16SリボソームRNA」の記事における「超可変領域」の解説

細菌16S rRNA遺伝子には、リボソーム小サブユニット二次構造関与する9つの超可変領域(V1-V9)が含まれており、これらの長さは約30-100塩基対である。保存程度は超可変領域間で大きく異なり、より保存され領域は門や綱といったより高レベル分類法利用でき、一方で保存度の低い領域は属や種といったより低レベル分類利用される16S rRNA配列全体シーケンスすることで全超可変領域の比較可能になるが、16S rRNAは約1,500塩基長さを持つため、多様な細菌群集満遍なくシーケンスするには費用かかってしまう。そのため、細菌叢解析のような研究では通常Illumina社製のゲノムシーケンス技術利用しており、454パイロシーケンスやサンガーシーケンスよりもそれぞれ50倍、12,000倍ほど安価にシーケンスすることができる。しかしながらIllumina社製シーケンサーでは75250塩基Illumina MiSeqでは最大300塩基)のリード長しか得られないため、細菌叢サンプルから16S rRNA遺伝子配列完璧に組み立てることはできない一方で、超可変領域はその短さのため、Illuminaシーケンサ1回実行するだけで配列解析行えるため、この超可変領域は解析における理想的なターゲットになっている16S rRNA超可変領域は、細菌系統間で大きく配列異な場合があるが、全体として16S rRNA遺伝子真核生物(18SリボソームRNA)よりも良く均一性維持しているため、アライメント比較的容易である。さらに、16S rRNA遺伝子には超可変領域間の高度に保存され配列含まれているため、異な分類群わたって同じ超可変領域を確実にPCR増幅できるユニバーサルプライマーの設計が可能である。すべての細菌系統ドメインから種に渡って正確に分類できる超可変領域は存在しないが、特定の分類レベルをほぼ確実に予測できるものもは知られている。多く解析研究では、完全な16S rRNA遺伝子同程度正確性で門レベル系統解析を行うことができるV4超可変領域を選択することが多い。保存度の低い領域は、高次系統分類には不向きであるが、例え特定の病原体検出するような用途でよく利用される2007年にChakravortyらが発表した研究では、どの超可変領域が疾患特異的かつ広範なアッセイ利用できるかを調べさまざまな病原体のV1-V8領域報告している。また他の研究では、病原体の属の特定にはV3領域利用することが最適であり、炭疽菌を含むテストされすべてのCDC監視病原体においてはV6領域種の区別に最も高い正確性示した、と報告されている。 16S rRNA超可変領域をベースとした配列解析は、細菌系統分類学的研究にとって有用であるが、ごく近縁の種同士区別することは困難な場合がある。例え腸内細菌科クロストリジウム科、およびペプトストレプトコッカス科では、種間で16S rRNA遺伝子全体最大99%の配列類似性をもつことが知られている。この場合、種間差異V4配列中のほんの数塩基にしか出現しないため、特に低レベル分類において、参照データベースに基づく手法では確実に分類することが困難である。また、利用する超可変領域の数を絞るほど、近縁分類群違い観察できなくなりサンプル全体多様性過小評価繋がりうる。さらに、細菌ゲノムは、多様なV1V2V6領域配列を持つ複数16S rRNA遺伝子をマルチコピーで保持する場合がある。これらの理由から、16S rRNAの超可変領域に基づく解析は、細菌種を分類する完璧な方法とまでは言えないしかしながらこのような欠点ありつつも現実的に細菌群集研究利用できる最も有用なツール1つとして今日利用されている。

※この「超可変領域」の解説は、「16SリボソームRNA」の解説の一部です。
「超可変領域」を含む「16SリボソームRNA」の記事については、「16SリボソームRNA」の概要を参照ください。

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