PCR増幅
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/10/16 22:38 UTC 版)
「16SリボソームRNA」の記事における「PCR増幅」の解説
16S rRNA配列を解析する際は、ユニバーサルプライマーを用いてPCRによる増幅を行い、得られた増幅産物をシーケンスする方法が一般的である。シークエンシング反応を行わなくても群集構造の解析が可能なDGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) 法や、顕微鏡で直接観察できるFISH法などの広い応用範囲も知られている。かつては制限酵素を用いたRFLPなどが使用されていた。 最も一般的なプライマーペアは、Weisburgらによって考案された、27F-1492Rと呼ばれているセットである。一部のアプリケーションでは、より短いアンプリコンが必要になる場合があり、たとえばチタンケミストリーを使用した454シーケンスでは、V1からV3をカバーするプライマーペア27F-534Rがよく選択される。また、27Fではなく8Fが使用される場合も多い。この2つのプライマーはほぼ同じであるが、27FはCではなくM（AとCの縮退塩基表記）を持っている。 主なプライマー配列プライマー名シーケンス（5′–3 ′）Ref.8F AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG 27F AGA GTT TGA TC M TGG CTC AG U1492R GGT TAC CTT GTT ACG ACT T 928F TAA AAC TYA AAK GAA TTG ACG GG 336R ACT GCT GCS YCC CGT AGG AGT CT 1100F YAA CGA GCG CAA CCC 1100R GGG TTG CGC TCG TTG 337F GAC TCC TAC GGG AGG CWG CAG 907R CCG TCA ATT CCT TTR AGT TT 785F GGA TTA GAT ACC CTG GTA 805R GAC TAC CAG GGT ATC TAA TC 533F GTG CCA GCM GCC GCG GTA A 518R GTA TTA CCG CGG CTG CTG G 1492R CGG TTA CCT TGT TAC GAC TT
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