縮退プライマー

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縮退プライマー

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/10/02 03:07 UTC 版)

「プライマー (生物)」の記事における「縮退プライマー」の解説

「縮退プライマー」が用いられる場合もある。これは、実際には類似しているが同一ではない複数のプライマーの混合物である。別々の生物から同一遺伝子を増幅する際、それらは類似しているが同一ではないため縮退プライマーが便利である。縮退プライマーの別の用途としては、タンパク質のアミノ酸配列に基いたプライマー設計を行いたい場合が挙げられる。一つのアミノ酸には複数のコドンが対応するため、実際にどのコドンが使われているかを推論することは困難である。したがって、コドン表によればイソロイシンに対応するプライマー配列はIUPACの定める縮退塩基（英語版）表記を用いて "ATH" である。すなわちAはアデニン、Tはチミン、Hはアデニン、チミン、シトシンのどれかに対応する。縮退プライマーを用いると、PCR増幅の選択性が大きく下がることがある。この問題はタッチダウンPCR（英語版）を用いることにより部分的に解決できる。 「縮退プライマー」は微生物生態学において極めて有用であり、広く用いられている。これにより未培養の微生物からの遺伝子増幅や遺伝情報の知られていない生物からの遺伝子回収が可能となる。通常、縮退プライマーは GenBank にある遺伝子配列を整列させて設計される。個々の塩基にIUPAC縮退塩基表記を用いることにより配列間の違いを取り入れることができる。設計後、PCRプライマーはそれらの順列全ての混合物として合成される。 このようなプライマー予測を実行できるプログラムとしては次のようなものが挙げられる。 CODEHOP: サーバー上で走らせることができるが、サーバーは停止している。ブロックフォーマットを用いる。 HYDEN: windows 上でコマンドプロンプトから実行する実行可能ファイルとして提供される。 iCODEHOP: これもブロックフォーマットを使うが、サポートが停止された。 FAS-DPD: 最近の Java アプリケーション。