配列解析とは? わかりやすく解説

配列解析

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2022/06/03 05:29 UTC 版)

バイオインフォマティクス」の記事における「配列解析」の解説

ファージ一種であるPhage Φ-X174が1977年配列決定され以来数千生物DNA配列解読されデータベース保存されている[要出典]。この配列情報は、タンパク質RNA遺伝子調節配列構造モチーフ反復配列コードする遺伝子決定するために分析されている[要出典]。例えば、種内や種間で遺伝子配列比較することで、タンパク質機能間の類似性評価したり、あるいは系統樹構築することで種間の分子系統学的関係を示すことができる。 データ量増加に伴いDNA配列手作業分析することはすでに非現実的である。今日ではBLASTなどの相同性検索を行うコンピュータプログラム用いて例えGenBank登録され1600億以上のヌクレオチドを含む260,000超える生物から配列検索することが日常的に行われている(数字2008年のもの)。これらのプログラムは、DNAシーケンス変異塩基置換欠失挿入など)を補正して、類似する同一ではない配列検索できる検索結果は、クローニングした遺伝子部分情報から遺伝子全体配列予測したり、構造未知タンパク質二次構造予測したり、解読されゲノムの中から遺伝子検出してその機能予測するなどの研究基盤となる。また配列情報から由来する生物種系統学分類推定するという問題を解くために、Krakenのような最新の k-merベースソフトウェア作成されており、アライメント手法では到達できない実行高速性を実現している[要出典]。

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配列解析

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2020/04/23 16:17 UTC 版)

コンセンサス配列」の記事における「配列解析」の解説

パターン認識のためのソフトウェア開発は、遺伝学分子生物学、そしてバイオインフォマティクスにおいて主要なトピックである。特定の配列モチーフは、生合成コントロールする制御配列として、もしくは細胞内の特定の位置分子差し向けたり分子成熟調節するようなシグナル配列として機能する。これらの配列制御機能は重要であるため、進化長い過程わたって保存されていると考えられている。いくつかの場合においては進化的な関連性がこれらの部位保存性程度から推定される

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