配列解析
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2022/06/03 05:29 UTC 版)
「バイオインフォマティクス」の記事における「配列解析」の解説
ファージの一種であるPhage Φ-X174が1977年に配列決定されて以来、数千の生物のDNA配列が解読され、データベースに保存されている[要出典]。この配列情報は、タンパク質、RNA遺伝子、調節配列、構造モチーフ、反復配列をコードする遺伝子を決定するために分析されている[要出典]。例えば、種内や種間で遺伝子配列を比較することで、タンパク質機能間の類似性を評価したり、あるいは系統樹を構築することで種間の分子系統学的関係を示すことができる。 データ量の増加に伴い、DNA配列を手作業で分析することはすでに非現実的である。今日ではBLASTなどの相同性検索を行うコンピュータプログラムを用いて、例えばGenBankに登録された1600億以上のヌクレオチドを含む260,000を超える生物から配列を検索することが日常的に行われている(数字は2008年のもの)。これらのプログラムは、DNAシーケンスの変異（塩基の置換、欠失、挿入など）を補正して、類似するが同一ではない配列を検索できる。検索結果は、クローニングした遺伝子の部分情報から遺伝子全体の配列を予測したり、構造が未知のタンパク質の二次構造を予測したり、解読されたゲノムの中から遺伝子を検出してその機能を予測するなどの研究の基盤となる。また配列情報から由来する生物種の系統学的分類を推定するという問題を解くために、Krakenのような最新の k-merベースのソフトウェアも作成されており、アライメント手法では到達できない実行高速性を実現している[要出典]。
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配列解析
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2020/04/23 16:17 UTC 版)
パターン認識のためのソフトウェア開発は、遺伝学、分子生物学、そしてバイオインフォマティクスにおいて主要なトピックである。特定の配列モチーフは、生合成をコントロールする制御配列として、もしくは細胞内の特定の位置に分子を差し向けたり、分子の成熟を調節するようなシグナル配列として機能する。これらの配列の制御機能は重要であるため、進化の長い過程にわたって保存されていると考えられている。いくつかの場合においては、進化的な関連性がこれらの部位の保存性の程度から推定される。
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