2001年以降の活動
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バンド解散以降、フリーの主な活動。その他詳細はオフィシャル・サイトのページを参照のこと。 ユニット麗蘭での活動については 「麗蘭」を参照 2001年（平成13年） フリーのギタリストとして活動を開始。 4月、音楽バラエティ堂本兄弟 へのレギュラー出演 9月14日〜29日、小室みつ子《 AS ALWAYS 》TOURに参加。札幌、仙台、名古屋、大阪、東京の5カ所を周る。 2002年（平成14年） 5月5日、オフィシャルファンクラブ《KOHEY MANIAX》発足。 音楽プロデューサーでベーシストの吉田建とFunk Unit《Apollo&Bump School 》を立ち上げる。 2003年（平成15年） 4月12日〜6月22日、甲斐よしひろ《 Serirs of Dreams Tour Vol.2 (1979-1986) 》にツアーメンバーとして参加。全国13ヵ所を周る。 11月23日〜2004年1月24日、甲斐よしひろ《 Serirs of Dreams Tour Vol.3 (1987-2003) 》にツアーメンバーとして参加。全国10カ所を周る。 12月25日、大黒摩季《 BUDOKAN Holy Night ～Spirits of three Divas～》日本武道館。ゲスト出演。 2004年（平成16年） 2月27日、《 80215 special 続 ナニワ・サリバン・ショー KING OF ROCK'N' ROLL 》大阪城ホール。出演。 4月25日、清春 1st LIVE TOUR《 room of melancholy 》渋谷公会堂。ゲスト出演。 5月14日、《 TOSTEM ONE NIGHT STAND 大黒摩季とフレンズ》SHIBUYA-AX出演。 9月10日〜10月11日、甲斐よしひろ 《 PARTY 30 KAI 30th ANNIVERSARY TOUR 》にツアーメンバーとして参加。全国8ヵ所を周る。 11月6日、甲斐よしひろ《 PARTY 30 in 日本武道館》サポートメンバーとして出演。
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2001年以降の活動
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2001年（平成13年）にウッズホール海洋生物学研究所を退職してからは自宅に研究室を作り研究を続けている。 2007年（平成19年）1月に「緑色蛍光タンパク質 (GFP) の発見と生命科学への貢献」により、2006年度朝日賞を受賞。2007年長崎大学名誉校友の称号を受ける。 2008年（平成20年）に、「緑色蛍光タンパク質 (GFP) の発見と開発」によって、マーティン・チャルフィー、ロジャー・Y・チエンと共にノーベル化学賞を受賞。 2008年（平成20年）ウッズホール海洋生物学研究所特別上席研究員および名古屋大学特別招へい教授就任。2009年（平成21年）名古屋大学特別教授。 2009年（平成21年）1月1日付で福知山市名誉市民。3月21日に佐世保市名誉市民、翌22日に長崎県名誉県民顕彰を受ける。また、母校の一つである佐世保南高校に顕彰碑が建立された。 2010年（平成22年）4月2日 オワンクラゲで縁がある鶴岡市立加茂水族館（別名クラゲ水族館）で、一日名誉館長を務めた。 2010年（平成22年）4月6日には母校の長崎県立諫早高校に銅像建立、同年4月7日には長崎大学にメダルのレプリカを貸与している。 2014年（平成26年）には、下村家の親族の墓所がある埼玉県深谷市から深谷市親善大使に委嘱された。 2018年10月19日6時15分、老衰のため、長崎市で死去。90歳没。叙従三位。
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