青函トンネル開業後
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1988年（昭和63年）3月13日に、青函トンネルを含む海峡線 中小国 - 木古内間が開業し、青函連絡船は廃止された。 青函トンネル開業時点における需要予測は、盛岡 - 札幌間の新幹線が全線開業した場合は函館 - 札幌間で11,000人／日、盛岡 - 函館間が開通した場合は青森 - 函館間で8000人／日程度であり、全額無償資金で建設を行った場合でも、並行在来線を含めた総合収支では大幅な赤字になることが予想された。そのため、JR北海道の会社意見としては、建設費の全額公的負担、施設の無償貸与、青函トンネルと同等以上の固定資産税の減免措置、施設の更新、災害時復旧の公的負担を前提に青森 - 函館間の建設を行い、札幌まではその実績等を踏まえて判断したいと表明した。 1996年（平成8年）12月25日の「整備新幹線の取扱いについて 政府与党合意」では北海道新幹線の新規着工区間として新青森 - 札幌間のルートが公表された。平成8年の合意に基づいて、1998年（平成10年）1月に「政府・与党整備新幹線検討委員会における検討結果」が公表され、従来の整備新幹線計画が維持されていることを確認したうえで新規着工区間が示された。 2000年（平成12年）12月18日の「整備新幹線の取扱いについて」政府・与党申合せにおいて、北海道新幹線の新青森 - 札幌間については「環境影響評価終了後工事実施計画の認可申請を行う」、新青森 - 新函館間については「青函トンネルについて、貨物鉄道走行に関する調査を行う」とされた。今回着工しない区間については、東北新幹線（盛岡駅 - 八戸駅間）、九州新幹線（新八代駅 - 鹿児島中央駅間）の開業後に見直しを行うとされた。 2002年（平成14年）1月に北海道新幹線 新青森 - 札幌間の工事実施計画認可申請が行われた。同年12月に東北新幹線 盛岡 - 八戸間が開業した。 2003年（平成15年）10月1日に鉄道建設・運輸施設整備支援機構が設立され、日本鉄道建設公団は解散した。これにより北海道新幹線の建設・貸付け業務は機構に引き継がれた。
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