タンパク質構造データベースの一覧

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タンパク質構造データベースの一覧

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/05/04 07:15 UTC 版)

「タンパク質構造データベース」の記事における「タンパク質構造データベースの一覧」の解説

上記のPDBは、データをパブリックドメインに公開するので、そのデータは他のさまざまなタンパク質構造データベースで利用されている。 タンパク質構造データベースには以下のような例がある（アルファベット順）。 Database of Macromolecular Movements 高分子運動のデータベース（Database of Macromolecular Movements）は、タンパク質や他の高分子で発生する動きを、動画を中心に解説する。 Dynameomics 既知のすべてのフォールドファミリーを代表するタンパク質の分子動力学シミュレーションと解析のデータウェアハウス。 JenaLib イエナ生体高分子ライブラリー（Jena Library of Biological Macromolecules）は、生体高分子の3次元構造に関する情報を、視覚化と解析に重点を置いて、よりよく普及させることを目的としている。 ModBase（英語版） 比較モデリングによって計算されたタンパク質の3次元モデルのデータベース。 OCA タンパク質の構造/機能に関するブラウザデータベース - OCAは、KEGG, OMIM（英語版）, PDBselect, Pfam（英語版）, PubMed, SCOP, SwissProt（英語版）などの情報を統合している。 OPM 脂質二重層に対するタンパク質の3次元構造の空間的な位置を提供する。 PDBsum PDBSumは、PDBに登録されている高分子構造の概要を示し、各構造の分子と分子間の相互作用を模式的に示す。 PDBTM 膜貫通型タンパク質のデータバンク - PDBの一部を選択している。 PDBWiki（英語版） コミュニティによる注釈付きの生物学的分子構造の知識ベース。 ProtCID（英語版） タンパク質共通インタフェースデータベース（Protein Common Interface Database、ProtCID）は、相同タンパク質の結晶構造における類似したタンパク質間のインターフェースのデータベース。 Protein NIHタンパク質データベースは、GenBank、RefSeq（英語版）、Third Party Annotationの注釈付きコーディング領域からの翻訳や、SwissProt（英語版）、PIR（英語版）、PRF、PDBからの記録など、複数のソースからの配列コレクション。 Proteopedia（英語版） タンパク質やその他の分子の共同的な3D百科事典である。PDBに登録されているすべてのエントリー（100,000ページ以上）を含むWikiで、機能部位やリガンドを強調表示するJmolビューを備える。使いやすいシーン・オーサリング・ツールを提供して、Jmolスクリプト言語を学ぶことなく、カスタマイズされた分子シーンを作成できる。Jmolでカスタムシーンを表示する説明文をグリーンリンクに簡単に添付できる。 ProteinLounge タンパク質の構造やビジュアルを含む、商用のデータベース。タンパク質の合成経路や遺伝子配列などのツールも含む。 SCOP タンパク質立体構造分類データベース（Structural Classification of Proteins）は、構造がわかっているすべてのタンパク質間の構造的および進化的な関係を詳細かつ包括的に説明する。 SWISS-MODEL Repository ホモロジーモデリングによって算出された、注釈付きのタンパク質モデルのデータベース。

タンパク質構造データベースの一覧（アーカイブ）

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「タンパク質構造データベース」の記事における「タンパク質構造データベースの一覧（アーカイブ）」の解説

PDB Lite OCAから派生したPDB Liteは、PDB内の高分子をできるだけ簡単に見つけて表示できるように提供された。(2021年5月現在、同サイトのドメインは存在していない) TOPSAN（英語版） Open Protein Structure Annotation Network - タンパク質の3次元構造に関する情報を収集、共有、配布するために設計されたWikiである。(2021年5月現在、同サイトのドメインは存在していない)