人骨騒動
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「国立国際医療研究センター」の記事における「人骨騒動」の解説
「陸軍軍医学校#人骨騒動」も参照 2006年（平成18年）、旧陸軍軍医学校に勤務していた元看護師が、これまでに判明している以外にも人骨を埋めたことを証言した。埋めた場所のうちの1カ所が、現在のセンターの宿舎敷地だったという。 このことを含め、衆議院議員郡和子が質問主意書を提出している。同じ若松町内に731部隊（関東軍防疫給水部）の創設者である石井四郎が居住しており、また同部隊の責任者であった内藤良一が、センター敷地内に所在した陸軍軍医学校において、日本の降伏時に大日本帝国陸軍医教官として勤務していた。
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人骨騒動
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1989年（平成元年）7月、陸軍軍医学校跡地における厚生省国立予防衛生研究所 (現・国立感染症研究所) 建設工事の際、同地から約100体に上るモンゴロイド系人骨が発掘された。人骨には銃による傷跡や切り傷のある遺体が複数あったため、「731部隊による細菌兵器開発のための生体実験の犠牲者ではないか」などの疑惑が出た。 このため1993年（平成5年）9月、発掘された人骨の調査・研究を行えるよう、新宿区に対し人骨の火葬・納骨の費用を支出しないよう求める住民訴訟が提訴された。 また1992年と1994年には、日本弁護士連合会が内閣総理大臣に対し人骨の調査を行うよう勧告するとともに、区に対し人骨を保管するよう勧告する人権救済申立を行った。 2000年（平成12年）12月、最高裁判決で原告側の住民敗訴が確定。厚生労働省はこれを受け、翌2001年（平成13年）6月に「大量人骨は、戦場に遺棄された戦死体からの研究用標本」と結論付け、新たに作る納骨堂に納める方針を固めた[要出典]。 それから10年後の2011年（平成23年）2月、厚生労働省は初めて人骨の発掘作業を開始した。発掘対象地は旧厚生労働省宿舎跡地であり、1989年に人骨が発見された場所に近い。「人骨標本を隠すために厚生労働省宿舎に人が住んでいる」という証言があったため、宿舎の入居者が退去するのを待ち、建物を解体した。
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