DNAシークエンシング技術からの影響とは? わかりやすく解説

Weblio 辞書 > 辞書・百科事典 > ウィキペディア小見出し辞書 > DNAシークエンシング技術からの影響の意味・解説 

DNAシークエンシング技術からの影響

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2020/04/01 13:55 UTC 版)

配列アセンブリング」の記事における「DNAシークエンシング技術からの影響」の解説

アセンブル計算量は、断片数とその長さ左右される断片長さ長ければ長いほど、断片数が多ければ多いほど正しオーバーラップを得ることができるが、それは裏を返すとよりたくさんの数のアライメントをしなければならず、より長いアライメントをしなければならなくなることから二次、あるいは指数関数的に計算量増大してしまう。一方で短い断片であればアライメント高速にできるが、アセンブリ位置決め段階反復配列などが含まれていると短いリード場合には正しアセンブリ位置を得ることが難しいという問題がある。 DNAシークエンシング初期の頃研究者得られる塩基配列は、数週間かけてもせいぜい数十残基配列2,3得られる程度だったので、その頃研究者手作業でも数分アライメントをすることができた。 1975年にはダイデオキシ法(サンガー法)が開発されると、その後改良加えられながら2000年代前半頃までには全自動化され並列大量配列読めるようになっていった。世界中のゲノムセンターではこのようなシークエンサー導入進み、そこでは今度全ゲノムショットガン法適したアセンブラが必要となってきた。 全ゲノムショットガンのリードには以下のような特徴がある。 リード長さは800-900残基 クローニングベクターなどの実験使用され不要な配列含まれている エラー0.5%から10%含まれる サンガー法使ってバクテリアゲノム解読するプロジェクトでは、2万から20リードアセンブルとなり、コンピューターが1台あればアセンブルできる規模となっている。ヒトゲノム場合では約3千5百万リードアセンブルとなり、それらのアセンブルには大量にコンピュータ集中的に設置したり、分散コンピューティングなどを行う必要がある2005年頃にはパイロシークエンシグが454ライフサイエンス社から販売されるようになった。この新しい手法ではサンガー法比べて得られるリード長さ短く初期の頃100残基程度で既に250残基読めるようになっており、2008年末には450残基まで伸びるとされている。しかし、パイロシークエンシングサンガー法比べてスループット高く低コストであることから各ゲノムセンターでの採用が相次ぎ、この新しい手法によって生産され配列利用できるようにするべくアセンブラ開発進められている。しかし、大量データ相手にしなければならないこととリード中に含まれるこの手特有のエラーパターン悩まされ2004年初頭時点では454から提供されたNewblerアセンブラ存在していただけだった。2007年半ばにはハイブリッド版MIRAアセンブラがChevreuxらから発表され、これが最初無料利用できる454向けのアセンブラとなった。このハイブリッド版というのは454リードサンガー法リード混合したものをアセンブルできるという意味で、その後このような複数シークエンシング技術による配列処理するものはハイブリッドアセンブリと呼ばれるようになった

※この「DNAシークエンシング技術からの影響」の解説は、「配列アセンブリング」の解説の一部です。
「DNAシークエンシング技術からの影響」を含む「配列アセンブリング」の記事については、「配列アセンブリング」の概要を参照ください。

ウィキペディア小見出し辞書の「DNAシークエンシング技術からの影響」の項目はプログラムで機械的に意味や本文を生成しているため、不適切な項目が含まれていることもあります。ご了承くださいませ。 お問い合わせ



英和和英テキスト翻訳>> Weblio翻訳
英語⇒日本語日本語⇒英語
  

辞書ショートカット

すべての辞書の索引

「DNAシークエンシング技術からの影響」の関連用語

DNAシークエンシング技術からの影響のお隣キーワード
検索ランキング

   

英語⇒日本語
日本語⇒英語
   



DNAシークエンシング技術からの影響のページの著作権
Weblio 辞書 情報提供元は 参加元一覧 にて確認できます。

   
ウィキペディアウィキペディア
Text is available under GNU Free Documentation License (GFDL).
Weblio辞書に掲載されている「ウィキペディア小見出し辞書」の記事は、Wikipediaの配列アセンブリング (改訂履歴)の記事を複製、再配布したものにあたり、GNU Free Documentation Licenseというライセンスの下で提供されています。

©2025 GRAS Group, Inc.RSS