配列の特徴とは? わかりやすく解説

配列の特徴

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2018/12/08 17:08 UTC 版)

ホメオドメインフォールド」の記事における「配列の特徴」の解説

ホメオドメインでは、C末端側の認識ヘリックスDNAの主溝と、N末端側のテール副溝結合してDNA特異的非特異的結合する認識ヘリックスヘリックス間のループはアルギニンとリシン残基富みヌクレオチド水素結合形成する。また認識ヘリックス中央にある保存性の高い疎水残基ヘリックスパッキング助ける。ホメオドメインタンパク質DNAの5'-ATTA-3'という配列と特に親和性高く全体配列とは無関係な所でも結合が起こる。

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配列の特徴

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2018/11/24 05:15 UTC 版)

EFハンド」の記事における「配列の特徴」の解説

カルシウムイオンタンパク質主鎖にも、アスパラギン酸やグルタミン酸など構成アミノ酸側鎖にも結合するEFハンドモチーフは配列条件初め詳細に分析され構造モチーフとなったループ部分の5残基カルシウム結合し、ここにはアスパラギン酸やグルタミン酸などの酸性アミノ酸が非常に現われやすい。ループ中の6番目の残基主鎖立体配置からの要請グリシンなければならない残り残基疎水性アミノ酸であることが多く疎水効果2つヘリックス強固に結び付けている。 αヘリックスのこれ以外のカルシウム結合モチーフとしては、ドッケリンドメインが知られている。

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配列の特徴

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2021/02/19 15:45 UTC 版)

Alu要素」の記事における「配列の特徴」の解説

Alu要素には、2つの主要プロモーターボックス」、すなわち共通配列TGGCTCACGCCを持つ5′Aボックス、および共通配列GWTCGAGAC(IUPAC核酸表記法英語版))を持つ3′Bボックスがある。RNAポリメラーゼIIIにより転写されるtRNAには、類似するもののより強力なプロモーター構造がある。これらの両方left arm存在するAlu要素内部プロモーター領域には、4か所もしくはそれ以下レチノイン酸応答要素六量体部位があり、最後1つは「Bボックス」と重なる。以下に例示する7SL (SRP) RNAでは、機能する六量体に実線下線が、機能しない3番目の六量体に点線下線引いてある。 GCCGGGCGCGGTGGCGCGTGCCTGTAGTCCCagctACTCGGGAGGCTGAGGCTGGAGGATCGCTTGAGTCCAGGAGTTCTGGGCTGTAGTGCGCTATGCCGATCGGAATAGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACATAGCGAGACCCCGTCTC Alu Iエンドヌクレアーゼ認識配列は5 ′ ag/ct 3′、すなわち上例中の小文字示され配列グアニン残基シトシン残基の間でDNA切断する

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