配列の特徴
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2018/12/08 17:08 UTC 版)
「ホメオドメインフォールド」の記事における「配列の特徴」の解説
ホメオドメインでは、C末端側の認識ヘリックスがDNAの主溝と、N末端側のテールが副溝と結合して、DNAと特異的、非特異的に結合する。認識ヘリックスとヘリックス間のループはアルギニンとリシン残基に富み、ヌクレオチドと水素結合を形成する。また認識ヘリックスの中央にある保存性の高い疎水残基がヘリックスのパッキングを助ける。ホメオドメインタンパク質はDNAの5'-ATTA-3'という配列と特に親和性が高く、全体の配列とは無関係な所でも結合が起こる。
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配列の特徴
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2018/11/24 05:15 UTC 版)
カルシウムイオンはタンパク質の主鎖にも、アスパラギン酸やグルタミン酸など構成アミノ酸の側鎖にも結合する。EFハンドモチーフは配列の条件が初めて詳細に分析された構造モチーフとなった。ループ部分の5残基がカルシウムと結合し、ここにはアスパラギン酸やグルタミン酸などの酸性アミノ酸が非常に現われやすい。ループ中の6番目の残基は主鎖の立体配置からの要請でグリシンでなければならない。残りの残基は疎水性アミノ酸であることが多く、疎水効果で2つのヘリックスを強固に結び付けている。 αヘリックスのこれ以外のカルシウム結合モチーフとしては、ドッケリンドメインが知られている。
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配列の特徴
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/02/19 15:45 UTC 版)
Alu要素には、2つの主要プロモーター「ボックス」、すなわち共通配列TGGCTCACGCCを持つ5′Aボックス、および共通配列GWTCGAGAC（IUPAC核酸表記法（英語版））を持つ3′Bボックスがある。RNAポリメラーゼIIIにより転写されるtRNAには、類似するもののより強力なプロモーター構造がある。これらの両方がleft armに存在する。 Alu要素の内部プロモーター領域には、4か所もしくはそれ以下のレチノイン酸応答要素六量体部位があり、最後の1つは「Bボックス」と重なる。以下に例示する7SL (SRP) RNAでは、機能する六量体に実線で下線が、機能しない3番目の六量体に点線で下線を引いてある。 GCCGGGCGCGGTGGCGCGTGCCTGTAGTCCCagctACTCGGGAGGCTGAGGCTGGAGGATCGCTTGAGTCCAGGAGTTCTGGGCTGTAGTGCGCTATGCCGATCGGAATAGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACATAGCGAGACCCCGTCTC Alu Iエンドヌクレアーゼの認識配列は5 ′ ag/ct 3′、すなわち上例中の小文字で示された配列のグアニン残基とシトシン残基の間でDNAを切断する。
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