現在の編成・運用（0番台）
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「JR北海道789系電車」の記事における「現在の編成・運用（0番台）」の解説
2017年（平成29年）3月4日ダイヤ改正 「カムイ (列車)」も参照 特急「スーパー白鳥」廃止に伴い、定期運用から離脱した0番台の基本編成は札幌圏へ転用され、2017年（平成29年）度から2018年度にかけて老朽化した785系電車を置き換えることとなった。付属編成は函館運輸所に残された。 このため、2016年（平成28年）8月から2017年（平成29年）4月にかけて増結用のHE-301編成・HE-302編成を除く基本編成の36両（6両編成×6本）が札幌運転所へ転属し、2017年（平成29年）3月4日のダイヤ改正から札幌駅 - 旭川駅間の特急「ライラック」に充当されるようになった。なお、789系1000番台や785系とは運用が完全に分離されており、特急「カムイ」・「すずらん」へは通常は充当されないが、車両故障などによる突発的な変更や、新型コロナウイルス感染拡大に伴う利用者減少に対応した計画減便時には「ライラック」に1000番台が、「カムイ」「すずらん」に0番台が充当された事例がある。 「スーパー白鳥」時代と同じく、旭川方のHE-100番台（3両編成）と札幌方のHE-200番台（3両編成）の2ユニットで構成される6両編成で運転される。ただし、HE-100編成とHE-200編成は編成番号下二桁が同番号の編成で固定されている（例：HE-102編成とHE-202編成が連結）。 その他、回送列車として宗谷本線の旭川駅 - 旭川運転所間を走行する。特急「ライラック」（札幌駅 - 旭川駅間）：14往復（1 - 48号）このほか、2017年（平成29年）7月と8月の土休日には、「ライラック」1往復（5・38号）を「ライラック旭山動物園号」として運転した。
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現在の編成・運用（1000番台）
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2017年（平成29年）3月4日ダイヤ改正 789系基本番台の札幌圏転用に伴い、エル特急「スーパーカムイ」が特急「ライラック」・「カムイ」に再編され、このうち1000番台は「カムイ」に充当される。また、エル特急の呼称も廃止された。 同ダイヤ改正では785系が札幌駅 - 旭川駅間の定期運用から撤退したため、特急「カムイ」は789系1000番台の限定運用となったが、特急「すずらん」は従来通り785系と789系1000番台の共通運用となっている。特急「カムイ」（札幌駅 - 旭川駅間）：10往復（1 - 48号） 特急「すずらん」（東室蘭駅 - 札幌駅間）：6往復（1 - 12号） 室蘭本線の普通列車の一部（室蘭駅 - 東室蘭駅間）：※特急「すずらん」からの直通列車も含む
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