歴代会長・副会長
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「日本学術会議会長」および「#改革の歴史」も参照 発足時の第1期は亀山直人を会長（第1-2期）とし、人文社会部門の副会長は我妻栄、自然科学部門は副会長を仁科芳雄が務めた。我妻は日本学術会議法の起草を手掛けたといわれ、仁科は初めて日本学術会議を代表して欧米に赴いた。その後、茅誠司（第3-4期途中）、和達清夫（第5期）、朝永振一郎（第6-7期）、江上不二夫（第8期）らが会長を務めていく。第6-7期（1963年1月-1969年1月）に会長を務めた朝永は、会長在任中の1965年にノーベル物理学賞を受賞。受賞後に政府から記念事業を打診され、朝永が「自分ではなく学界のために」と答えた結果、日本学術会議の会館が建設されている。 第11期から第12期途中にかけて伏見康治が会長を務めるが、法改正の騒動に伴い第12期は久保亮五、塚田裕三と会長が変わった（ただし、第12期は1年半延長）。その後、近藤次郎（第13-15期）、伊藤正男（第16期）、吉川弘之（第17-18期）が会長を務めていく。第17-18期に会長を務めた吉川は、国際科学会議（ICSU）の会長も務めるとともに、行政改革に合わせた日本学術会議の改革に尽力する。日本学術会議の役割のパラダイムシフトを求めた吉川の考えは「吉川理論」とも言われ、批判を集めながらも改革をリードした。 吉川の尽力により、総合科学技術会議における議論では日本学術会議側の意見がかなり尊重されたという。第18期で副会長を務めた黒川清が第19期会長を務め、組織再編が行われた第20期も途中まで会長を務めた（ただし、第19期の任期は2年間）。黒川は臨床医師経験者として初めて会長に就任し、吉川の改革を継承して2005年の組織改革を推進。法改正に伴う国会審議でも参考人として出席した。在米経験が長くメールも英語で返すという黒川は、アジア学術会議を軌道に乗せ、日本カナダ女性研究者交流事業も発足させた。 第20期の残りから第21期の途中までは金澤一郎が会長を務める。第21期の残りは広渡清吾が務め、その後は大西隆（第22-23期）、山極寿一（第24期）と続く。この間、2010年から「学術の大型研究計画に関するマスタープラン」が始まっており、マスタープラン2010、2011、2014、2017、2020と続いている。また、2020年9月に『未来からの問い ― 日本学術会議100年を構想する ―』を発行した。2020年10月からの第25期は梶田隆章が会長を務めている。
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