内閣官房との関係
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総理府の前身たる総理庁は、それまで内閣に直属していた統計局や恩給局を所管するために設けられた。これは日本国憲法が個別の行政事務について、内閣の統轄の下に主任の大臣が分担管理することを前提としている（72・74条）と考えられるためである。つまり内閣総理大臣を主任の大臣とする行政機関が、各省と並列して設置されたことになる。 内閣総理大臣を補佐する機関としては、閣僚を含む内閣自体の補助機関たる内閣官房がある。総理府本府とは法令上も性質上も異なる組織であったが、ともに内閣総理大臣を主任の大臣とし、その管轄下であったことから、両機関は密接な関係にあった。実際、ほぼ同一の所掌事項に関する課・室を両機関に設置し、当該官を併任（例：内閣官房内閣内政審議室長が、内閣総理大臣官房内政審議室長を兼務）することで、内閣総理大臣の補佐と各省庁間の総合調整を一体的に処理できた。 中央省庁再編時、内閣総理大臣のリーダーシップ強化も兼ねて、内閣官房と総理府の統合が模索された。これについて総理府側は、「内閣の組織である内閣の補助部局と、行政事務を分担管理する『府及び省』の一つである総理直属の機関は、本来別のもの」「両者を一体化した『内閣府』を設ける場合は、これを内閣の補助部局としてとらえると、総理府で行われている個別行政事務のようなものまで内閣の所掌とすることとなり、憲法の予想するところではないのではないか」と疑義を呈した。しかし結局、内閣官房との本格統合はならず、総理府は国家行政組織法の枠外で内閣補助事務を所管する内閣府に移行した。
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内閣官房との関係
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「内閣総理大臣補佐官」の記事における「内閣官房との関係」の解説
組織の面では内閣官房に属するが、その名称及び職務の面では内閣総理大臣に直属し、内閣官房長官から独立している。 2014年（平成26年）の所掌事務改正に伴い、内閣総理大臣補佐官及び大臣補佐官の職務遂行に係る規範（平成26年5月27日閣議決定）が定められ、内閣総理大臣・内閣官房長官・内閣官房副長官その他の内閣官房職員との関係が以下のように明確化された。 内閣総理大臣補佐官は、内閣総理大臣直属のスタッフと位置づけられ、内閣官房長官以下の内閣官房のラインに対する指揮命令権を持たず、あるいはこれを補佐するものではない。 ただし、必要がある場合には、内閣総理大臣はラインに命じてサポートさせることができる。また、適切な連携を図らせ、能率的に職務を遂行させなければならない。 就任時に、担当する職務の範囲を、内閣総理大臣が書面により指示する。必要に応じ、指示した事項に係る処理方針についても併せて示す。なお、この指示は特定の政策を明示して行うことになる。
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