コーディング配列

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コーディング配列

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2020/06/20 18:06 UTC 版)

「GC含量」の記事における「コーディング配列」の解説

ゲノム配列を俯瞰すると、ゲノム全体のGC含量と比較して、タンパク質コード領域は高いGC含量を持つことがよく見られる。コード領域の長さがGC含量に正比例することを示す証拠も得られている。終止コドンがアデニンとチミンに偏っているという理由から、配列が短いほどATバイアスは高くなる。

コーディング配列

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/08/20 16:17 UTC 版)

「保存配列」の記事における「コーディング配列」の解説

DNA上にコードされているアミノ酸は3塩基が1組で決定されており、塩基はATGCの4種類であるのに対して、DNA上にコードされているアミノ酸は20種類である。したがって、理論上DNA上にコード可能なアミノ酸の種類よりも少なく、別な塩基配列であっても同じアミノ酸をコードしている場合もある。コーディグ領域に変異が発生しても、タンパク質のアミノ酸配列に影響しない、同義的な変異をサイレント変異と言う。サイレント変異が起こっても、作られるタンパク質は同じなので、このような変異が起きたとしても影響が少ないため、保存性は低くなりがちである。 アミノ酸配列は、タンパク質またはタンパク質ドメインの構造や機能を維持するよう保存される。保存されたタンパク質はアミノ酸の置換が少ないか、もしくは類似した生化学的性質を持つアミノ酸への置換が起きやすい傾向を持つ。配列の中でも、フォールディング、構造安定性、もしくは結合部位を形成するアミノ酸は、タンパク質の機能に変化をもたらし得るため、より高度に保存される。 タンパク質をコードする遺伝子の核酸配列は他の選択圧によっても保存される。生物種によるコドンの使用頻度の偏り (codon usage bias) は、配列中の同義置換のタイプを制限する。mRNAで二次構造を形成する核酸配列は、翻訳に悪影響を与えるものもあるため、不利な選択を受ける。一方でそのmRNAが機能的なノンコーディングRNAとしても機能する場合には保存される。