宇宙飛行士選抜後
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2009年(平成21年)2月、宇宙航空研究開発機構(JAXA)の宇宙飛行士選抜試験に参加し最終選考まで進み、大西卓哉と油井亀美也が宇宙飛行士訓練生に選ばれた際、選抜史上初めて「第1補欠」として選定された。試験を取材したNHKの記者による『ドキュメント宇宙飛行士選抜試験』では、最終試験での目立つ動きこそなかったが、ただ一人折り鶴の課題ノルマを達成する等全ての課題において水準以上の結果を安定して発揮していたと表現されている。また同書では、知的で冷静かつ、協調性のある優しい人柄と評されている。 その後、日本の宇宙飛行士が国際宇宙ステーション(ISS)へ長期滞在する機会がさらに増えることが見込まれ、同年9月に追加採用された。同月、海上自衛官を退官し、JAXAに入社。すでに渡米していた大西と油井に追いつくべく訓練を開始し、2011年(平成23年)7月、基礎訓練が終了したことに伴いJAXA宇宙飛行士として認定される。日本の宇宙飛行士で医師から宇宙飛行士へ転身したのは向井千秋、古川聡につぎ3人目かつ、油井に続く2人目の自衛隊出身者でもある。 2015年(平成27年)8月26日、JAXAは、金井をISS第54次/55次の長期滞在搭乗員に任命決定した旨を発表した。 2017年(平成29年)8月、公式twitterでJAXA職員の女性との婚約を発表した。同年12月17日、金井を乗せたソユーズ宇宙船がカザフスタンバイコヌール宇宙基地から打ち上げられた。打ち上げは成功し、同19日にISSとドッキングし6か月間の長期滞在に入った。翌2018年(平成30年)1月9日、公式twitterで「無重力下で身長が9cm伸びた」ことを報告すると話題となる。ただし、翌日、アレクサンダー・ミシュルキン(英語版)船長の指摘を受けて再計測したところ2㎝の伸びだったと訂正した。長期滞在中は、加齢研究や新薬の設計のための実験を初めとした学術研究を行う計画である。
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