三重鎖
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2022/03/22 16:12 UTC 版)
minor groove triplexは普遍的にみられるRNAの構造モチーフである。副溝（minor groove）との相互作用はリボースの2'-OH基を介して行われることが多いため、このRNAモチーフはDNAの三重鎖とは見た目が大きく異なる。minor groove triplexの例として最もよく見られるのはAマイナーモチーフ（A-minor motif）であり、アデニン塩基が副溝へ挿入される。しかし、このモチーフはアデニンに限定されているわけではなく、他の核酸塩基もRNAの副溝と相互作用することが観察されている。 副溝は挿入された塩基とほぼ完全な相補性を示す。これによって最適なファンデルワールス相互作用、広範囲の水素結合と疎水表面の埋没が可能となり、エネルギー的に極めて有利な相互作用が作り出される。minor groove triplexはループとヘリックスを安定にパッキングすることができるため、グループIイントロン（英語版）、グループIIイントロン（英語版）、リボソームなどの巨大なリボヌクレオチド構造の主要な要素となっている。 四重鎖 典型的なフーグスティーン型塩基対を形成したGカルテットのリング構造。 マラカイトグリーンのRNAアプタマーの結晶構造中にみられる四重鎖構造。G29は他の塩基と、主溝と副溝での水素結合、ワトソン・クリック型の水素結合を形成している。 標準的なA型RNAの主溝（major groove）はかなり狭く、そのため副溝よりも三重鎖相互作用を形成しにくいが、いくつかのRNA構造ではmajor groove triplexが観察されている。これらの構造は塩基対とフーグスティーン型相互作用の組み合わせで構成されている。例えば、50SリボソームでみられるGGC triplex（GGC amino(N-2)-N-7, imino-carbonyl, carbonyl-amino(N-4); Watson-Crick）は、ワトソンクリック型のG-C塩基対に対し、挿入されたGが両塩基と擬フーグスティーン型の水素結合ネットワークを形成することで構成されている。major groove triplexの他の注目すべき例としては、左の図で示されたグループIIイントロンの触媒コアやヒトのテロメラーゼRNAで観察される触媒作用に必須な三重鎖、そしてSAM-IIリボスイッチ（英語版）などがある。 DNA三重鎖（英語版）も、B型DNAの主溝でフーグスティーン型または逆フーグスティーン型の水素結合を形成することによって可能である。
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