自然学習資料センター時代（2003年度－2013年度）
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2003年（平成15年）、NPO法人静岡県自然史博物館ネットワークが発足。同NPO法人に委託し、自然史資料の収集保管業務を開始した。作業・収集の保管場所の拠点は、同年9月から2005年（平成17年）6月まで県教育委員会三島分館、以後は旧中部健康福祉センター庵原分庁舎に設置された。 2007年（平成19年）度から県はNPO法人の研究者と意見交換会を開始し、博物館のあり方や機能についての議論を重ねていく。 2008年（平成20年）度、業務拠点の名称を「静岡県自然学習資料センター」と命名、静岡大学の博物館実習の受入れを開始した。博物館実習は、2012年（平成24年）から東海大学についても受入れを行っている。 2009年（平成21年）度、整理済みの標本のホームページでの公表を開始、2010年（平成22年）度には出前博物館を開催するなど、県民への博物館事業普及と情報発信を推進していく。 2011年（平成23年）度、旧中部健康福祉センター庵原分庁舎の老朽化とスペース不足により、閉校が予定されている静岡南高校の校舎に拠点を移転することが決定された。 2012年（平成24年）度、熊野善介（静岡大学教授・当時）を委員長とする「静岡県自然学習資料センター整備方針検討委員会」を設置し、将来の博物館への移行を見据えた機能と施設改修のあり方を検討し、2013年（平成25年）3月、方針書をとりまとめた。方針書では、同年度の当初予算に約3億円を計上、年度内に移転整備事業に着手し、2014年（平成26年）度中のオープンを目指すとした。
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