名古屋大学時代における要職の歴任
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2000年には福田の研究グループの成果をもとにした編著『インテリジェントシステム』が刊行され、2003年には著書『鉄腕アトムのロボット学』が発刊。2002年にはアレクサンダー・フォン・フンボルト財団よりフンボルト賞を授与され、2003年度は「フンボルト財団研究賞教授」として活動した。 計測自動制御学会に新しい部門制が敷かれた際はシステムインテグレーション部門の部門長を務め、2003年から2年間は廣田薫の後を受けて日本知能情報ファジィ学会の会長に就任した。2002年には名古屋大学、東北大学、産業技術総合研究所、三井造船が連携するJSTプロジェクト 「環境適応型高性能対人地雷探知システムの研究開発」で研究代表を担当する。 一方で2002年に梅崎太造らと特定非営利活動法人ヒューマンウェア・ネットワーク推進機構を設立し、理事長に就任。また、2003年に採択された名古屋大学の21世紀COEプログラム「情報社会を担うマイクロナノメカトロニクス」では当初サブリーダーを務め、途中からは拠点リーダーを担当する。2005年に名古屋大学大学院工学研究科マイクロシステム工学専攻教授（機械理工学専攻併任）。 テーラーメイド超精密手術シミュレータ 「EVE」を開発し、2005年には大学発ベンチャーとしてファイン・バイオメディアル有限会社が設立されている（代表は博士後期課程に在学していた池田誠一）。「EVE」は2006年の愛・地球博のプロトタイプロボット展にも出展された。2014年時点でアメリカ合衆国、イタリア、中華人民共和国、大韓民国、南アフリカ共和国に販売実績があるという。 また、2005-2009年度の科研費特定領域研究「マルチスケール操作によるシステム細胞工学」では領域代表を務め、A評価（研究領域の設定目的に照らして、十分な成果があった）を得る。さらに2008年度に採択されたマイクロ・ナノシステム工学専攻が推進するグローバルCOEプログラム「マイクロ・ナノメカトロニクス教育研究拠点」では拠点リーダーを担当し、同プログラムは「設定された目的は概ね達成された」という事後評価を得ている。2010年4月から2013年3月までは名古屋大学高等研究院の副院長も務めた。
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