コンピュータ創薬とは? わかりやすく解説

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コンピュータ創薬

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2022/07/14 22:53 UTC 版)

COVID-19に対する薬剤研究」の記事における「コンピュータ創薬」の解説

タンパク質間相互作用 (PPI) に関する原理的な知見として、相互作用生じ二つタンパク質などは、それらの一部同士空間的に合致する(嵌まる)形であることが多いことが分かっている。この原理利用してSARS-CoV-2立体構造に対して既知あらゆるタンパク質立体構造様々に当ててみてどこか嵌まらないかとしらみつぶし調べることで、抗SARS-CoV-2候補となるタンパク質群を発見するアプローチが可能である。しかしこれには膨大な計算量が必要となる。そこで、1台のコンピュータだけでなく多数コンピュータ分散して計算することが発見近道となる。世界中から無償ボランティア募集してコンピュータ自動的に借りながら発見作業進めるというオープンプロジェクトが、いくつか開始している。 こうしたプロジェクトには世界誰でも参加して自分パソコン薬剤発見貢献できるインストールしたプログラムアプリがデータ自動的にダウンロードして解析してサーバ次々報告する参加者インストール必要に応じて設定行えばよい。その代表的なものとして、2020年2月末、セントルイス・ワシントン大学拠点を持つ分散コンピューティングプロジェクトFolding@homeでは、本ウイルスへの取り組み基盤提供し個人・企業所有するパソコン余剰パワーの提供を募集した。 グレッグ・ボウマン博士は「近い将来に最も期待がかかるのは、いずれか部位結合できる既存薬剤を見つけられるかどうかだ」と述べたNVIDIAGitHubなどIT大手redditパソコン・ゲーム愛好家グループなど2週間40万人以上が専用アプリダウンロードした。3月25日Folding@home演算能力は約1.5エクサFLOPS達したTOP500の上100スーパーコンピュータ合算上回る能力獲得しこれまでの数千長いタンパク質対象とするシミュレーションが可能となっている。

※この「コンピュータ創薬」の解説は、「COVID-19に対する薬剤研究」の解説の一部です。
「コンピュータ創薬」を含む「COVID-19に対する薬剤研究」の記事については、「COVID-19に対する薬剤研究」の概要を参照ください。

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