大腸菌株の系統

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大腸菌株の系統

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/10/06 02:53 UTC 版)

「大腸菌」の記事における「大腸菌株の系統」の解説

今までの研究により、この種に属する多くの株が分離され、特徴付けられている。大腸菌は、血清型（上記参照）に加えて、系統学に6つのグループに分類される。特に全ゲノム配列の情報を利用することで、高度に信頼性の高い系統関係を推定することが可能である。このようなゲノムデータに基づいて、大腸菌には5つの亜種が定義されている。 系統学的距離は一方で、病理学な特徴とはあまり関連していない。たとえばO157：H7血清型株は、グループEと形容されるクレードを形成し、すべて腸管出血性株（EHEC）に含まれるが、すべてのEHEC株が系統学的に密接に関連しているわけではない。実際、Shigella属の4つの異なる種が、E. coli株の間に入れ子状になっている（上記を参照）。一方で、EHEC株であるE. albertiiおよびE. fergusoniiは、このグループの外に位置している。そして、タイプ株を含むすべての赤痢菌種は、大腸菌の単一亜種内に位置している。このため、適切な再分類は困難な状況になっている。研究分野で一般的に利用されるすべての大腸菌研究株はグループAに属し、主にクリフトンのK-12株（λ⁺F⁺; O16）やデレーユのBacillus coli株（B株）(O7)に由来している。 .mw-parser-output table.clade{border-spacing:0;margin:0;font-size:100%;line-height:100%;border-collapse:separate;width:auto}.mw-parser-output table.clade table.clade{width:100%}.mw-parser-output table.clade td.clade-label{width:0.7em;padding:0 0.15em;vertical-align:bottom;text-align:center;border-left:1px solid;border-bottom:1px solid;white-space:nowrap}.mw-parser-output table.clade td.clade-fixed-width{overflow:hidden;text-overflow:ellipsis}.mw-parser-output table.clade td.clade-fixed-width:hover{overflow:visible}.mw-parser-output table.clade td.clade-label.first{border-left:none;border-right:none}.mw-parser-output table.clade td.clade-label.reverse{border-left:none;border-right:1px solid}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel{padding:0 0.15em;vertical-align:top;text-align:center;border-left:1px solid;white-space:nowrap}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel:hover{overflow:visible}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel.last{border-left:none;border-right:none}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel.reverse{border-left:none;border-right:1px solid}.mw-parser-output table.clade td.clade-bar{vertical-align:middle;text-align:left;padding:0 0.5em;position:relative}.mw-parser-output table.clade td.clade-bar.reverse{text-align:right;position:relative}.mw-parser-output table.clade td.clade-leaf{border:0;padding:0;text-align:left}.mw-parser-output table.clade td.clade-leafR{border:0;padding:0;text-align:right}.mw-parser-output table.clade td.clade-leaf.reverse{text-align:right}.mw-parser-output table.clade:hover span.linkA{background-color:yellow}.mw-parser-output table.clade:hover span.linkB{background-color:green}  Salmonella enterica       E. albertii       E. fergusonii       Group B2   E. coli SE15 (O150:H5. Commensal)     E. coli E2348/69 (O127:H6. Enteropathogenic)         E. coli ED1a O81 (Commensal)         E. coli CFT083 (O6:K2:H1. UPEC)       E. coli APEC O1 (O1:K12:H7. APEC     E. coli UTI89 O18:K1:H7. UPEC)     E. coli S88 (O45:K1. Extracellular pathogenic)           E. coli F11     E. coli 536           Group D   E. coli UMN026 (O17:K52:H18. Extracellular pathogenic)       E. coli (O19:H34. Extracellular pathogenic)     E. coli (O7:K1. Extracellular pathogenic)         group E     E. coli EDL933 (O157:H7 EHEC)     E. coli Sakai (O157:H7 EHEC)         E. coli EC4115 (O157:H7 EHEC)     E. coli TW14359 (O157:H7 EHEC)         Shigella     Shigella dysenteriae       Shigella sonnei       Shigella boydii     Shigella flexneri             Group B1     E. coli E24377A (O139:H28. Enterotoxigenic)           E. coli E110019       E. coli 11368 (O26:H11. EHEC)     E. coli 11128 (O111:H-. EHEC)             E. coli IAI1 O8 (Commensal)     E. coli 53638 (EIEC)         E. coli SE11 (O152:H28. Commensal)     E. coli B7A                 E. coli 12009 (O103:H2. EHEC)     E. coli GOS1 (O104:H4 EAHEC) German 2011 outbreak       E. coli E22         E. coli Oslo O103     E. coli 55989 (O128:H2. Enteroaggressive)             Group A     E. coli HS (O9:H4. Commensal)     E. coli ATCC8739 (O146. Crook's E.coli used in phage work in the 1950s)       K‑12 strain derivatives   E. coli K-12 W3110 (O16. λ⁻ F⁻ "wild type" molecular biology strain)     E. coli K-12 DH10b (O16. high electrocompetency molecular biology strain)     E. coli K-12 DH1 (O16. high chemical competency molecular biology strain)     E. coli K-12 MG1655 (O16. λ⁻ F⁻ "wild type" molecular biology strain)     E. coli BW2952 (O16. competent molecular biology strain)         E. coli 101-1 (O? H?. EAEC)   B strain derivatives   E. coli B REL606 (O7. high competency molecular biology strain)     E. coli BL21-DE3 (O7. expression molecular biology strain with T7 polymerase for pET system)