折りたたみの予測とは? わかりやすく解説

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折りたたみの予測

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2018/08/07 00:01 UTC 版)

フォルダマー」の記事における「折りたたみの予測」の解説

フォルダマー構造は、しばしばその一次配列から予測できる。 この予測プロセスには様々な条件下の原レベルでの折りたたみ平衡構造動的シミュレーションが伴う。 この種のシミュレーションによる分析手法は、タンパク質一次構造が特に短い部類、つまり、タンパク質を構成するアミノ酸の数が比較少ない物には適用できるものの、そうでないタンパク質に対しては、2007年現在コンピュータ処理能力などの技術的な問題のために不可能である。 フォルダマー折りたたみ経路は、様々な熱力学的および速度論条件の下で、実験的に決定された好ましい構造からの変化測定することによって、決定することができる。その構造変化は、好ましい構造骨格原子位置から二乗平均平方根偏差計算することによって測定される様々な条件下でのフォルダマー構造は、計算的に決定され次いで実験的に検証され得る。 温度溶媒粘度圧力pH、および塩濃度変化させることで、フォルダマー構造に関する非常に有益な情報を得ることができる。 折りたたみ動力学および折りたたみ平衡測定することにより、これらの様々な条件フォルダマー構造に及ぼす影響観察することができる。 溶媒折りたたみにしばしば影響する例えば、疎水性崩壊を伴う折りたたみ経路は、非極性溶媒中では全く違った結果となる。この違いは、異な溶媒では、折りたたみ経路異な中間体安定化されるという事実に起因している、これは分子間の非共有結合性相互作用に基づく最終的なフォルダマー構造が、溶媒により異なっていることと同様である。

※この「折りたたみの予測」の解説は、「フォルダマー」の解説の一部です。
「折りたたみの予測」を含む「フォルダマー」の記事については、「フォルダマー」の概要を参照ください。

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