階層的な組織化
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/05/04 05:57 UTC 版)
「タンパク質立体構造分類データベース」の記事における「階層的な組織化」の解説
・注意：この記述は（SCOP2でなく）SCOPバージョン1.75に基づく。 タンパク質構造の情報源は、蛋白質構造データバンク（PDB）である。SCOPの構造分類の単位はタンパク質ドメインである。SCOPの著者が言う「ドメイン」とは、小規模のタンパク質と中規模のタンパク質のほとんどが1つのドメインしか持たないという彼らの記載や、α2β2構造を持つヒトのヘモグロビンにはαサブユニットとβサブユニットの2つのSCOPドメインが割り当てられているという観察所見によって示唆される。 ドメインの形状をSCOPでは「フォールド」と呼んでいる。同じフォールドに属するドメインは、同じ配置の同じ主要二次構造と、同じトポロジー接続を持っている。SCOPバージョン1.75では、1,195件のフォールドが与えられている。各フォールドの簡単な説明が記載されている。たとえば、「グロビン様」フォールドは、『コア： 6ヘリックス; 折りたたまれた葉、部分的に開いている』（core: 6 helices; folded leaf, partly opened）と説明されている。ドメインが属するフォールドは、ソフトウェアではなく、精査によって決定される。 SCOPバージョン1.75のレベルは次のとおりである。 クラス（英語版）: フォールドの種類（例：βシート） フォールド: クラス内のドメインのさまざまな形状の違い。 スーパーファミリー: フォールド内のドメインは、少なくとも離れた共通の祖先を持つスーパーファミリーに分類される。 ファミリー: スーパーファミリーのドメインは、より最近の共通の祖先を持つファミリーに分類される。 タンパク質ドメイン: ファミリー内のドメインは、本質的に同じタンパク質であるタンパク質ドメインに分類される。 種（species）: タンパク質ドメインのドメインは、種によって分類されている。 ドメイン: タンパク質の一部。単純なタンパク質の場合、ドメインはタンパク質全体を指すこともある。
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