階層的な組織化とは? わかりやすく解説

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階層的な組織化

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2021/05/04 05:57 UTC 版)

タンパク質立体構造分類データベース」の記事における「階層的な組織化」の解説

注意:この記述は(SCOP2でなく)SCOPバージョン1.75に基づく。 タンパク質構造情報源は、蛋白質構造データバンクPDB)である。SCOP構造分類単位タンパク質ドメインである。SCOP著者が言う「ドメイン」とは、小規模タンパク質中規模タンパク質のほとんどが1つドメインしか持たないという彼らの記載や、α2β2構造を持つヒトヘモグロビンにはαサブユニットβサブユニット2つSCOPドメイン割り当てられているという観察所見によって示唆されるドメイン形状SCOPでは「フォールド」と呼んでいる。同じフォールド属すドメインは、同じ配置の同じ主要二次構造と、同じトポロジー接続持っているSCOPバージョン1.75では、1,195件のフォールド与えられている。各フォールド簡単な説明記載されている。たとえば、「グロビン様」フォールドは、『コア: 6ヘリックス; 折りたたまれ部分的に開いている』(core: 6 helices; folded leaf, partly opened)と説明されている。ドメイン属すフォールドは、ソフトウェアではなく精査によって決定されるSCOPバージョン1.75のレベル次のとおりである。 クラス英語版): フォールド種類(例:βシートフォールド: クラス内のドメインさまざまな形状の違いスーパーファミリー: フォールド内のドメインは、少なくとも離れた共通の祖先を持つスーパーファミリー分類されるファミリー: スーパーファミリードメインは、より最近の共通の祖先を持つファミリー分類されるタンパク質ドメイン: ファミリー内のドメインは、本質的に同じタンパク質であるタンパク質ドメイン分類される。 種(species): タンパク質ドメインドメインは、種によって分類されている。 ドメイン: タンパク質一部単純なタンパク質場合ドメインタンパク質全体を指すこともある。

※この「階層的な組織化」の解説は、「タンパク質立体構造分類データベース」の解説の一部です。
「階層的な組織化」を含む「タンパク質立体構造分類データベース」の記事については、「タンパク質立体構造分類データベース」の概要を参照ください。

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