対応コード
出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2021/12/11 05:40 UTC 版)
「フラグメント分子軌道法」の記事における「対応コード」の解説
FMO法は、GAMESS (US)、ABINIT-MP、PAICS、ADBS(Advance/BioStation) といったソフトウェアで利用可能である。 初期段階には、GAMESSの入力はFMOutilというソフトを用いて作成された。 後に、FMOutilの大部分はfuとよばれる新しいGUIに統合された。 FuはFMOやGAMESSに限らず、より一般的な用途に利用可能なBSDライセンスのソフトウェアである。 大部分がPythonにより記述されており、一部のクリティカルな箇所はFortranで記述されている。 他のGUIソフトウェアとしてはFacioが挙げられる。 FacioはFMO法に特化しており、分子クラスタ、タンパク質、ヌクレオチド、糖やそれらの複合系(例:陽溶媒中のDNAやタンパク質の複合体) を自動で数分以内にフラグメント化することができる。また、固体や界面は手動でフラグメント化する必要があるが、分割すべき結合をクリックするだけで可能となる。更に、フラグメント間の相互作用など、FMO計算の結果を可視化することができる。 GAMESS (US)におけるFMO法の実装SCFの種類RHFROHFUHFGVBMCSCF(英語版)HF EGH EGH EGH - EG MP2 EG EG E - - CC E E - - - CI E - - - - DFT EGH - EGH - - TDDFT EG - E - - DFTB EGH - - - - E - エネルギー, G - エネルギー勾配, H - ヘッシアン (太字はPCMが利用可能)
※この「対応コード」の解説は、「フラグメント分子軌道法」の解説の一部です。
「対応コード」を含む「フラグメント分子軌道法」の記事については、「フラグメント分子軌道法」の概要を参照ください。
- 対応コードのページへのリンク