GROMOS96
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2019/10/09 15:40 UTC 版)
1996年、ソフトウェアパッケージをかなり書き直したGROMOS96が公表された。力場も改善された。例えば、脂肪族CHn基は、長い（1.4 nm）非結合カットオフ半径を使用したモデル液体アルカンの一連の分子動力学シミュレーションに基づいて再パラメーター化されたファンデルワールス相互作用を持つ融合原子として表現された。このバージョンは継続的に改良されており、複数の異なるパラメータセットが利用可能である。GROMOS96は分子動力学、確率動力学、エネルギー最小化を含む。エネルギー部分は前バージョンのGROMOS87の一部でもある。GROMOS96は20カ月の間に計画・考案された。このパッケージは40個のプログラムから成り、それぞれが異なる必須の機能を有する。GROMOS96内の重要なプログラムの例としては、分子のトポロジーの構築を担うPROGMTと古典的な分子トポロジーを経路積分分子トポロジーへと換えるPROPMTがある。
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