距離行列の作成とは? わかりやすく解説

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距離行列の作成

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2021/10/30 08:44 UTC 版)

距離行列法」の記事における「距離行列の作成」の解説

ある2つ生物群が持つ(DNA塩基タンパク質アミノ酸などの)配列相違は、生物群同士近縁性と相関がある。近縁性は進化距離に言い換えることができ、このため配列相違進化距離に換算できる。進化距離には塩基アミノ酸置換数を使用するが、このとき置換した塩基アミノ酸種類考慮するなど、進化モデル仮定した解析数多く登場している。具体的には、Jukes-Cantorの1パラメータモデル、Kimuraの2パラメータモデルなどがある。 系統推定を行う全ての分類群について各組の進化距離を計算する距離行列作成できる。以下に距離行列の例を示す。aからeまでのアルファベット分類群指し、各数字それぞれの組の進化距離を意味する。 abcdea- 5 9 9 8 b - 10 10 9 c - 8 7 d - 3 e - こうした距離行列に基づくと系統樹計算速度速いため、距離行列利用した系統推定数多く考案されている。 なお、距離行列の作成は配列間の差異以外に基づくことも可能である。例えば、2つ分類群特定の遺伝子有無を0と1でスコアリングする、遺伝子座等しくするために必要な染色体転座染色体逆位英語版)の回数で距離を定義する、などの方法がある。

※この「距離行列の作成」の解説は、「距離行列法」の解説の一部です。
「距離行列の作成」を含む「距離行列法」の記事については、「距離行列法」の概要を参照ください。

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