類似性探索と仮想スクリーニングとは? わかりやすく解説

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類似性探索と仮想スクリーニング

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2017/05/30 15:22 UTC 版)

分子類似性」の記事における「類似性探索と仮想スクリーニング」の解説

類似性に基づくバーチャルスクリーニングリガンドに基づくバーチャルスクリーニング一種)では、クエリー化合物類似するデータベース中の全ての化合物は、互いに類似する生物学的活性を持つと仮定している。この仮説は常に妥当というわけではないが、きわめて多く場合類似性に基づき検索され化合物の組は類似の活性に富む。 分子構造を、「分子スクリーニング」(構造情報検索キーとして類似構造探索する方法)、または、固定サイズ可変サイズの「分子フィンガープリント」(指紋という特徴によって人物同定するように、ある特徴を持つ分子同定する方法)によって表現することで、何百万もの化合物を含むデータベースから類似性に基づくスクリーニング効果的に行うことができる。分子スクリーニングおよびフィンガープリントは、2次元 (2D) および3次元 (3D) の構造情報をともに含むことができる。しかしながら二進数フラグメント記述子分子情報表現するコンピュータデータ)の一種である2Dフィンガープリントこの分野でよく用いられるMDLキーMDL Information Systems社の化合物フォーマットによる検索キーのようなフラグメント構造の特定部分)に基づく構造キー小さサイズ中くらいサイズ化学データベース十分に扱うことができる。一方大きサイズデータベース処理するにはより高い情報密度を持つフィンガープリントが必要となる。フラグメントに基づくDaylightフィンガープリントDaylight Fingerprint Toolkitで計算される)、BCIフィンガープリントおよびUNITY 2Dフィンガープリント (Tripos)が最も良く知られた例である。フィンガープリント法によって表現され化学構造比較する最も有名な類似性尺度はJaccard係数谷本係数) Tである。2つ構造は T > 0.85 {\displaystyle T>0.85} (Daylightフィンガープリント場合)のとき、常に類似していると見なされる

※この「類似性探索と仮想スクリーニング」の解説は、「分子類似性」の解説の一部です。
「類似性探索と仮想スクリーニング」を含む「分子類似性」の記事については、「分子類似性」の概要を参照ください。

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