Orientations of Proteins in Membranes database
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2020/03/14 13:45 UTC 版)
ナビゲーションに移動 検索に移動| 内容 | |
|---|---|
| 正式名称 | 本データベースは脂質二重膜中のタンパク質の空間的配置を提供する。 |
| キャプチャデータ | PDBからのタンパク質構造 |
| 生物 | All |
| コンタクト | |
| 研究拠点 | ミシガン大学薬学部 |
| 主要引用 | 16397007 |
| 公開日 | 2005 |
| アクセス | |
| データフォーマット | 修正PDB形式 |
| ウェブサイト | http://opm.phar.umich.edu |
| ダウンロードURL | OPM files |
| ツール | |
| ウェブ | Server for calculating positions of proteins in membranes |
| その他 | |
| ライセンス | CC-BY 3.0 |
| バージョン | 2.0 |
| キュレーション ポリシー | Curated |
Orientations of Proteins in Membranes (OPM) databaseは、脂質二重膜に対する膜タンパク質構造の空間的位置を提供する[1][2][3][4]。タンパク質の位置は脂質二重膜の陰溶媒和モデルを使って計算される[5][6]。計算の結果は膜中の膜貫通タンパク質および表在性膜タンパク質の空間的配置の実験的な研究に対して検証された[4][7][8][9][10][11][12]。
タンパク質構造は蛋白質構造データバンクから取られる。OPMは膜会合型タンパク質のファミリーおよびスーパーファミリーへの構造的部類、膜トポロジー、膜結合状態におけるタンパク質の四次構造、ならびにそれぞれのタンパク質の輸送先の膜の種類も提供する。計算された膜境界をダミー原子として含む座標ファイルがダウンロード可能である。ウェブサイトではJmolを使って膜境界平面付きのタンパク質構造の可視化ができる。
本データベースは膜結合タンパク質の実験的ならびに理論的研究において広く使われた[13][14][15][16][17]。しかしながら、膜結合タンパク質の膜中での空間的配置が3次元構造から計算的に予測できない場合、それらの多くのタンパク質の構造はデータベースに含まれていない。実験から得られた構造がタンパク質の全ての膜アンカーリング部位（両親媒性αヘリックス、露出した非極性残基、あるいは脂質が結合したアミノ酸残基）を欠いている時にこれがあてはまる[4]。また、本データベースは蛋白質構造データバンクによって主鎖原子のぎあ提供されている低解像度構造も含まない。脂質二重膜中における低解像度タンパク質構造の計算された空間的配置はPDBTM[18]といったその他の情報源で見ることができる。
出典
- ^ ST NetWatch: Protein Databases review of OPM in Signal Transduction NetWatch list from Science
- ^ Lomize, Mikhail A.; Lomize, Andrei L; Pogozheva, Irina D.; Mosberg, Henry I. (2006). “OPM: Orientations of Proteins in Membranes database”. Bioinformatics 22 (5): 623–625. doi:10.1093/bioinformatics/btk023. PMID 16397007.
- ^ Lomize, Andrei L; Pogozheva, Irina D.; Lomize, Mikhail A.; Mosberg, Henry I. (2006). “Positioning of proteins in membranes: A computational approach”. Protein Science 15 (6): 1318–1333. doi:10.1110/ps.062126106. PMC: 2242528. PMID 16731967.
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- ^ Lomize, AL; Pogozheva, ID; Mosberg, HI (2011). “Anisotropic solvent model of the lipid bilayer. 2. Energetics of insertion of small molecules, peptides, and proteins in membranes”. Journal of Chemical Information and Modeling 51 (4): 930–946. doi:10.1021/ci200020k. PMC: 3091260. PMID 21438606.
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- ^ Páli, Tibor; Bashtovyy, Denys; Marsh, Derek (2006). “Stoichiometry of lipid interactions with transmembrane proteins - Deduced from the 3D structures”. Protein Sci. 15 (5): 1153–1161. doi:10.1110/ps.052021406. PMC: 2242517. PMID 16641489.
- ^ PDBTM: Protein Data Bank of Transmembrane Proteins
「Orientations of Proteins in Membranes database」の例文・使い方・用例・文例
- Microsoftがβ版をランチするのは「NetShow streaming server」で動画や音声をオンデマンドで提供する。
- 《主に米国で用いられる》 ＝ 《主に英国で用いられる》 an admiral of the fleet 海軍元帥.
- 篏入的 r 音 《英音の India office /ndiərfɪs/の /r/の音》.
- ＝《口語》 These kind of stamps are rare. この種の[こういう]切手は珍しい.
- (英国の)運輸省. the Ministry of Education(, Science and Culture) (日本の)文部省.
- は of の誤植です.
- を off と誤植する.
- あいまい母音 《about, sofa などの /ə/》.
- 副詞的小詞 《on, in, out, over, off など》.
- 迂言的属格 《語尾変化によらず前置詞によって示す属格; たとえば Caesar's の代わりの of Caesar など》.
- çon of garlic [humor]. それにはガーリック[ユーモア]がちょっぴり必要だ.
- 《主に米国で用いられる》 ＝ 《主に英国で用いられる》 the Speaker of the House of Commons 下院議長.
- 《主に米国で用いられる》 ＝ 《主に英国で用いられる》 the Committee of Ways and Means 歳入委員会.
- 初めて読んだ英文小説は“The Vicar of Wakefield”
- （違法罪―a sin of commission―に対する）怠惰罪
- 『each』、『every』、『either』、『neither』、『none』が分配的、つまり集団の中の1つのものを指すのに対し、『which of the men』の『which』は分離的である
- 『hot off the press（最新情報）』は『hot（最新の）』の拡張感覚を示している
- 『Each made a list of the books that had influenced him』における制限節は、リストに載った本を制限節で定義された特定の本だけに制限する
- 臨床的鬱病を治療するのに用いられる三環系抗鬱薬（商品名ImavateとTofranil）
- 『sunshine-roof』は『sunroof（サンルーフ）』に対する英国の用語である
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