FASTAフォーマット
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2015/05/22 04:39 UTC 版)
「FASTA」の記事における「FASTAフォーマット」の解説
FASTA では、シーケンスデータの記述形式として FASTAフォーマットという形式を使う。FASTAフォーマットはプレーンテキストである。1つのシーケンスのデータは、">" で始まる1行のヘッダ行と、2行目以降の実際のシーケンス文字列で構成される。ヘッダ行では、">" の次にシーケンスデータを識別するための文字列を記述し、続けてそのシーケンスデータを説明する文字列を記述する（両方とも省略してよい）。ヘッダ行の ">" と識別文字列の間にスペースを入れてはいけない。FASTAフォーマットの全ての行は、80文字未満とすることが推奨される。">" で始まる別の行が出現すると、そこでシーケンスデータが区切られ、別のシーケンスデータが始まる。 FASTA ファイルフォーマットの例を示す。 >gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus]LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLVEWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLGLLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVILGLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGXIENY FASTAフォーマットでは、IUB/IUPAC で規定されているアミノ酸コードもしくは核酸コードで、シーケンス文字列を記述する。ただし、小文字で記述した場合は FASTA内部で自動的に大文字に変換される。また、"-"（ハイフン）でギャップを、"U" でセレノシステインを、"*" で翻訳終止を記述する。FASTAでは、クエリーのシーケンスに数字が含まれていると正しく処理をすることができない。FASTAで処理を行う前に、数字は、除去しておくか、適切な文字列（"N" は不明な核酸塩基、"X" は不明なアミノ酸 を意味する）に置き換えておく必要がある。 FASTA で使える核酸のコード核酸のコード意味A Adenosine （アデニン） C Cytidine （シトシン） G Guanine （グアニン） T Thymidine （チミン） U Uracil （ウラシル） R G A （puRine, プリン） Y T C （pYrimidine, ピリミジン） K G T （Ketone, ケトン） M A C （aMino group, アミノ基） S G C （Strong interaction, 強い結合） W A T （Weak interaction, 弱い結合） B G T C (not A) （B, A の次の文字） D G A T (not C) （D, C の次の文字） H A C T (not G) （H, G の次の文字） V G C A (not T, not U) （V, U の次の文字） N A G C T （aNy, 不明） - ギャップ FASTA で使えるアミノ酸コードアミノ酸コード意味A アラニン B アスパラギン酸 もしくは アスパラギン C システイン D アスパラギン酸 E グルタミン酸 F フェニルアラニン G グリシン H ヒスチジン I イソロイシン K リシン L ロイシン M メチオニン N アスパラギン P プロリン Q グルタミン R アルギニン S セリン T スレオニン U セレノシステイン V バリン W トリプトファン Y チロシン Z グルタミン酸 もしくは グルタミン X 不明 (any) * 翻訳終止 - ギャップ
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