DNA断片長による方法

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DNA断片長による方法

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/05/16 00:38 UTC 版)

「DNAシークエンシング」の記事における「DNA断片長による方法」の解説

断片長データの例塩基長さアデニン(A) 6 7 8 10 13 グアニン(G) 1 5 12 シトシン(C) 3 9 チミン(T) 2 4 11 14 15 現在主流となっているのは、塩基依存的にDNA断片を作製し、その長さを比べることで塩基の順序を知る方法である。例えば4種類の塩基に対応してサンプルを1回ずつ切断した結果、右表のような長さの断片ができたとする。この場合、断片長が短い方から並べ直したGTCTGAAACATGATTが、元々のDNAの塩基配列だったということになる。この方法では、どのように「塩基依存的」なDNA断片を作製するかという反応の部分と、どうやってその長さを調べるかという検出の部分に鍵がある。 例: 元の配列 GTCTGAAACATGATT アデニン(A)で切断した場合 [06] GTCTGA <-> AACATGATT [07] GTCTGAA <-> ACATGATT [08] GTCTGAAA <-> CATGATT [10] GTCTGAAACA <-> TGATT [13] GTCTGAAACATGA <-> TT グアニン(G)で切断した場合 [01] G <-> TCTGAAACATGATT [05] GTCTG <-> AAACATGATT [12] GTCTGAAACATG <-> ATT シトシン(C)で切断した場合 [03] GTC <-> TGAAACATGATT [09] GTCTGAAAC <-> ATGATT チミン(T)で切断した場合 [02] GT <-> CTGAAACATGATT [04] GTCT <-> GAAACATGATT [11] GTCTGAAACAT <-> GATT [14] GTCTGAAACATGAT <-> T [15] GTCTGAAACATGATT 上記の切断した配列を短いほうから並べなおし、切断した塩基（切断した端の塩基）で読むと元の配列が分かる。 [01] G [02] GT [03] GTC [04] GTCT [05] GTCTG [06] GTCTGA [07] GTCTGAA [08] GTCTGAAA [09] GTCTGAAAC [10] GTCTGAAACA [11] GTCTGAAACAT [12] GTCTGAAACATG [13] GTCTGAAACATGA [14] GTCTGAAACATGAT [15] GTCTGAAACATGATT ->[01]G [02]T [03]C [04]T [05]G [06]A [07]A [08]A [09]C [10]A [11]T [12]G [13]A [14]T [15]T