認識部位とは? わかりやすく解説

認識部位

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2022/05/11 01:08 UTC 版)

制限酵素」の記事における「認識部位」の解説

一般的な制限酵素は、特定のDNA配列認識し 、その付近あるいはその配列内部DNA二本鎖を切断する。認識部位の塩基数が一般的に4〜8塩基程度のものが多い。この認識配列塩基数は、ゲノム上に出現する制限酵素サイト頻度にも影響与える。例えば4塩基認識部位の場合理論的には4^4=256bpに1回頻度ゲノム上に制限酵素サイト出現することになり、6塩基認識部位の場合は4^6=4,096bpごとに1回、8塩基認識部位では4^8=65,536bpに1回出現することになる。 認識部位にはパリンドローム(回分配列)のものが多く見られる。この場合認識サイト主鎖と逆鎖の両方制限酵素認識されることになる。理論的に可能なパリンドローム配列としては、2つのタイプがある。1つ目は、鏡のような回文であり、例えばGTAATGといった配列のように、同じDNA鎖で前方から読んで後方から読んでも同じ配列となる場合である。他方で、逆方向反復パリンドローム呼ばれる配列では、例えばGTATACの配列のように、相補的な関係にあるDNA鎖において、同じDNA方向(5' -> 3')から読むと主鎖も逆鎖も同じ配列になる。後者の逆方向反復パリンドロームは、鏡パリンドロームよりも一般的にゲノム中に見られ生物学的にも重要である。 同じ配列認識するさまざまな制限酵素は、ネオシゾマーと呼ばれ、これらは異な切断サイトを持つ場合がある。ネオシゾマーのうち、同じ配列認識し同じ箇所切断する酵素イソシゾマー呼ばれる平滑末端ブラント・エンドSmaIなどが知られる粘着末端(スティッキー・エンド) EcoRIなどが知られる

※この「認識部位」の解説は、「制限酵素」の解説の一部です。
「認識部位」を含む「制限酵素」の記事については、「制限酵素」の概要を参照ください。

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