CHARMM分子動力学プログラム
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2019/10/09 15:40 UTC 版)
「CHARMM」の記事における「CHARMM分子動力学プログラム」の解説
CHARMMプログラムでは、幅広い分子シミュレーションの生成と解析が可能である。最も基本的な種類のシミュレーションは与えられた構造のエネルギー最小化と分子動力学トラジェクトリのプロダクションランである。 より高度な機能としては、コンフォメーションおよびパスサンプリング法、自由エネルギー摂動法（FEP）、擬調和エントロピーの見積もり、相関分析、QM/MM法がある。 CHARMMは最も古い分子動力学プログラムの一つである。CHARMMは数多くの機能を集積しており、それらの一部はわずかな違いがある複数のキーワード下で重複している。これは、世界中で多くのグループがCHARMMに関わっていることの不可避的な結果である。更新履歴とCHARMMのソースコードに主要な開発者らの名前と所属を見ることができる。ミシガン大学のチャールズ・L・ブルックス3世のグループの貢献が顕著である。CHARMMは非常に多くの計算ツール群を提供している。例えば、コンフォメーションおよびパスサンプリング法、自由エネルギーの見積もり、分子エネルギーの最小化、動力学、分析テクニック、そして分子モデル構築などができるようになっている。 CHARMMプログラムはシリアル構成および並列構成ともに非常に多くのプラットホームに移植されている。開発者のマーティン・カープラスは、2013年ノーベル化学賞を受賞した。
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