触媒ドメイン

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触媒ドメイン

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/04/30 15:45 UTC 版)

「脱ユビキチン化酵素」の記事における「触媒ドメイン」の解説

DUBの触媒ドメインは、 USP、OTU、MJD、UCH、MPN+/JAMMなどのグループに分類される。最初の4つのグループはシステインプロテアーゼであり、MPN+/JAMMは亜鉛メタロプロテアーゼである。システインプロテアーゼ型のDUBはパパインに類似しており、同様の作用機構を有する。ユビキチンと基質の間のアミド結合の加水分解の触媒には、触媒二残基または触媒三残基のいずれかが利用される。システインプロテアーゼ型のDUBの触媒活性に寄与する活性部位の残基は、システイン、ヒスチジン、そしてアスパラギン酸またはアスパラギン（触媒三残基のみ）である。ヒスチジンは、触媒三残基ではアスパラギン酸またはアスパラギンによって、触媒二残基では他の方法で極性化される。この極性化はシステインのpKaを低下させ、ユビキチンのC末端と基質のリジンの間のイソペプチド結合への求核攻撃を可能にする。メタロプロテアーゼ型DUBでは亜鉛イオンがヒスチジン、アスパラギン酸、セリン残基に配位しており、水分子を活性化してイソペプチド結合への攻撃を可能にする。

触媒ドメイン

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2019/08/20 09:08 UTC 版)

「EcoRII」の記事における「触媒ドメイン」の解説

C末端触媒ドメインは、典型的な制限酵素様フォールド（ SCOP 52979 ）を持ち、30を超える巨大な制限酵素スーパーファミリー（ SCOP 52980 ）の構成タンパク質の一つである。