タンパク質の分類
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/05/04 06:25 UTC 版)
「タンパク質構造予測」の記事における「タンパク質の分類」の解説
タンパク質は、構造的類似性と配列類似性の両方に従って分類できる。構造分類では、上述の二次構造の大きさや空間的配置を、既知の三次元構造の中で比較する。歴史的には、配列の類似性に基づく分類が最初に使用された。最初に、全配列のアライメントに基づく類似性による分類が実施された。その後、保存アミノ酸パターンの出現に基づいてタンパク質が分類された。これらの方式でタンパク質を分類したデータベースが利用できる。タンパク質の分類方法を検討する際には、いくつかの点に留意する必要がある。第一に、異なる進化の起源からの全く異なるタンパク質配列は、同じような構造に折りたたまれる可能性がある。逆に、特定の構造を持つ古代遺伝子の配列は、同じ基本的な構造的特徴を維持しながらも、異なる種で大きく分岐している可能性がある。このような場合、残っている配列の類似性を認識することは、非常に困難な作業となる可能性がある。第二に、互いにあるいは第3の配列とかなりの程度で配列類似性を共有する2つのタンパク質も、進化的起源を共有し、いくつかの構造的特徴も共有していると考えられている。しかし、進化の過程で遺伝子重複や遺伝子再編成が起こると、新しい遺伝子のコピーが生まれ、それが新しい機能や構造を持つタンパク質に進化することがある。
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