シュードモナス属
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2023/07/27 10:21 UTC 版)
食品の腐敗への関連
シュードモナス属の代謝多様性と、低温での生育能力と、非常に広範な分布とにより、多くのシュードモナス属菌種は食品の腐敗の一般的な原因である。代表的な例として、P. fragiによる肉類や酪農製品の腐敗[35]、P. taetrolensやP. mudicolensによる卵からのカビの発生[36]、P. lundensisによる牛乳、チーズ、牛肉、魚肉の腐敗が挙げられる[37]。シュードモナスの増殖による食品の腐敗は果実のような臭気を生じさせる。
分類の歴史
シュードモナス属という語は19世紀末にWalter Migulaによって創られた。当時、この属名の語源は説明されなかったが、英: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology（英語版）第7版（当時における、細菌の学名命名法および分類法の標準だった書籍[38]）では、ギリシャ語におけるpseudes＝「偽物の」(ψευδής)と-monas＝「単一単位」(μονάς/μονάδος)の合成語であると記述されている。しかしながら、おそらくMigulaは「偽物の[ 英: Monas（英語版） ](微小な鞭毛をもつ原生生物)」を意図して名づけたと考えられている[7]。
Migulaの定義から数十年でこの属に割り当てられた種名の数は膨大となり、問題となった。Migulaの定義はあいまいであり、一致する種が非常に多かったためである。しかし、多くの株は、種間で保存された高分子(タンパク質や核酸など)に基づく方法や新しい分類法に基づいて再分類された[20]。例えば、リボソームRNAの配列や組成の類似性に基づいた分類法は、そのような分子生物学的手法がまだなかった当時に分類された種で構成されたシュードモナス属が、5つのいわゆるrRNAホモロジーグループ、すなわち異なる属に明確に分離できることを明確に示した。現在登録されている種の数は、当時と比べて90%以上減少している。
2000年に16S rRNA系統解析により多くの細菌種が再分類された[39]。その結果、以前は Chryseomonas属と Flavimonas属に分類されていた株をシュードモナス属は含むことになった[40]。シュードモナス属とされていた一部の株はBurkholderia属またはRalstonia属に分類されなおされている[41][42]。
2000年には、シュードモナス属に分類されている一種のゲノムの配列決定が完了した。より最近では、P. aeruginosa PAO1 (2000)、P. putida KT2440 (2002)、P. protegens Pf-5 (2005)、P. syringae pathovar tomato DC3000 (2003)、P. syringae pathovar syringae B728a (2005)、P. syringae pathovar phaseolica 1448A (2005)、P. fluorescens Pf0-1、P. entomophila L48を含む様々なシュードモナス菌株のゲノム配列決定がなされた[20]。
過去にシュードモナス属に分類されていた種
シュードモナス属は現在、ガンマプロテオバクテリア綱に分類されている。
- P. abikonensis(現Sphingomonas abikonensis)、P. aminovorans(現Aminobacter aminovorans)、P. azotocolligans(現Sphingomonas trueperi)、P. carboxydohydrogena(現Bradyrhizobium属)、P. carboxidovorans(現Oligotropha carboxidovorans)、P. compransoris(現Zavarzinia compransoris)、P. diminuta(現Brevundimonas diminuta)、P. echinoides(現Sphingomonas echinoides)、P. extorquens(現Methylobacterium extorquens)、P. lindneri(現Zymomonas mobilis)、P. mesophilica(現Methylobacterium mesophilicum)、P. paucimobilis(現Sphingomonas paucimobilis)、P. radiora(現Methylobacterium radiotolerans)、P. rhodos(現Methylobacterium rhodinum)、P. riboflavina(現Devosia riboflavina)、P. rosea(現Methylobacterium extorquens)、P. vesicularis(現Brevundimonas vesicularis)
- P. acidovorans(現Comamonas acidovorans)、P. alliicola(現Burkholderia gladioli)、P. antimicrobica(現Burkholderia gladioli)、P. avenae(現Acidovorax avenae)、P. butanovorae(現Thauera属)、P. caryophylli(現Burkholderia caryophylli)、P. cattleyae(現Acidovorax avenae)、P. cepacia(現Burkholderia cepacia)、P. cocovenenans(現Burkholderia cocovenenans)、P. delafieldii(現Acidovorax delafieldii)、P. facilis(現Acidovorax facilis)、P. flava(現Hydrogenophaga flava)、P. gladioli(現Burkholderia gladioli)、P. glathei(現Burkholderia glathei)、P. glumae(現Burkholderia glumae)、P. graminis(現Burkholderia graminis)、P. huttiensis(現Herbaspirillum huttiense)、P. indigofera(現Vogesella indigofera)、P. lanceolata(現Comamonadaceae属)、P. lemoignei(現Paucimonas lemoignei)、P. mallei(現Burkholderia mallei)、P. mephitica(現Janthinobacterium lividum)、P. mixta(現Telluria mixta)、P. palleronii(現Hydrogenophaga palleronii)、P. phenazinium(現Burkholderia phenazinium)、P. pickettii(現Ralstonia pickettii)、P. plantarii(現Burkholderia plantarii)、P. pseudoflava(現Hydrogenophaga pseudoflava)、P. pseudomallei(現Burkholderia pseudomallei)、P. pyrrocinia(現Burkholderia pyrrocinia)、P. rubrilineans(現Acidovorax avenae)、P. rubrisubalbicans(現Herbaspirillum rubrisubalbicans)、P. saccharophila(現Matsuebacter属)、P. solanacearum(現Ralstonia solanacearum)、P. spinosa(現Hydrogenophaga属)、P. syzygii(現Ralstonia syzygii)、P. taeniospiralis(現Hydrogenophaga taeniospiralis)、P. terrigena(現Comamonas terrigena)、P. testosteroni(現Comamonas testosteroni)
ガンマ-ベータプロテオバクテリア
- P. beteli(現Stenotrophomonas属)、P. boreopolis(現Xanthomonas属)、P. cissicola(現Xanthomonas属)、P. geniculata(現Stenotrophomonas属)、P. hibiscicola(現Stenotrophomonas属)、P. maltophilia(現Stenotrophomonas maltophilia)、P. pictorum(現Stenotrophomonas属)
- P. beijerinckii(現Chromohalobacter)、P. diminuta(現Brevundimonas diminuta)、P. doudoroffii(Aeromonas属)、P. elongata(現Microbulbifer elongatus)、P. flectens(Enterobacteriaceae属)、P. halodurans(現Halomonas halodurans)、P. halophila(現Marinobacter属)、P. iners(現Marinobacterium georgiense)、P. marina(現Halomonadaceae属)、P. nautica(現Marinobacter hydrocarbonoclasticus)、P. nigrifaciens(現Pseudoalteromonas nigrifaciens)、P. pavonacea(現Acinetobacter)[43]、P. piscicida(現Pseudoalteromonas piscicida)、P. stanieri(現Marinobacterium stanieri)
- P. formicans(現Aeromonas caviae)
グループ
2000年に行われた16S rRNA系統解析により、シュードモナス属136種は5つのグループに分割され、各グループに種が分類された。
P. aeruginosa グループ
- P. aeruginosa（緑膿菌）
- P. alcaligenes
- P. anguilliseptica
- P. argentinensis
- P. borbori
- P. citronellolis
- P. flavescens
- P. mendocina
- P. nitroreducens
- P. oleovorans
- P. pseudoalcaligenes
- P. resinovorans
- P. straminea
P. chlororaphis グループ
- P. agarici
- P. asplenii
- P. aurantiaca
- P. aureofaciens
- P. chlororaphis
- P. corrugata
- P. fragi
- P. lundensis
- P. taetrolens
P. fluorescens グループ
- P. antarctica
- P. azotoformans
- P. blatchfordae
- P. brassicacearum
- P. brenneri
- P. cedrina
- P. corrugata
- P. fluorescens
- P. gessardii
- P. libanensis
- P. mandelii
- P. marginalis
- P. mediterranea
- P. meridiana
- P. migulae
- P. mucidolens
- P. orientalis
- P. panacis
- P. protegens
- P. proteolytica
- P. rhodesiae
- P. synxantha
- P. thivervalensis
- P. tolaasii
- P. veronii
P. pertucinogena グループ
- P. denitrificans
- P. pertucinogena
P. putida グループ
- P. cremoricolorata
- P. entomophila
- P. fulva
- P. monteilii
- P. mosselii
- P. oryzihabitans
- P. parafulva
- P. plecoglossicida
- P. putida
P. stutzeri グループ
- P. balearica
- P. luteola
- P. stutzeri
P. syringae グループ
- P. amygdali
- P. avellanae
- P. caricapapayae
- P. cichorii
- P. coronafaciens
- P. ficuserectae
- P. helianthi
- P. meliae（センダンこぶ病菌）
- P. savastanoi
- P. syringae（ムギ類黒節病菌）
- P. tomato
- P. viridiflava
所在位置不明
- P. abietaniphila
- P. acidophila
- P. agarici
- P. alcaliphila
- P. alkanolytica
- P. amyloderamosa
- P. asplenii
- P. azotifigens
- P. cannabina
- P. coenobios
- P. congelans
- P. costantinii
- P. cruciviae
- P. delhiensis
- P. excibis
- P. extremorientalis
- P. frederiksbergensis
- P. fuscovaginae
- P. gelidicola
- P. grimontii
- P. indica
- P. jessenii
- P. jinjuensis
- P. kilonensis
- P. knackmussii
- P. koreensis
- P. lini
- P. lutea
- P. moraviensis
- P. otitidis
- P. pachastrellae
- P. palleroniana
- P. papaveris
- P. peli
- P. perolens
- P. poae
- P. pohangensis
- P. protegens
- P. psychrophila
- P. psychrotolerans
- P. rathonis
- P. reptilivora
- P. resiniphila
- P. rhizosphaerae
- P. rubescens
- P. salomonii
- P. segitis
- P. septica
- P. simiae
- P. suis
- P. thermotolerans
- P. toyotomiensis
- P. tremae
- P. trivialis
- P. turbinellae
- P. tuticorinensis
- P. umsongensis
- P. vancouverensis
- P. vranovensis
- P. xanthomarina
シュードモナス属に感染するバクテリオファージ
シュードモナス属に感染するバクテリオファージの例として以下がある。
- 英: Pseudomonas phage Φ6（英語版）
- Pseudomonas aeruginosa phage EL [44]
- 英: Pseudomonas aeruginosa phage ΦKMV（英語版）[45]
- 英: Pseudomonas aeruginosa phage LKD16（英語版）[46]
- 英: Pseudomonas aeruginosa phage LKA1（英語版）[46]
- 英: Pseudomonas aeruginosa phage LUZ19（英語版）
- Pseudomonas aeruginosa phage ΦKZ [44]
- ^ ヒュー・レイフソンテスト(Hugh and Leifson test)とは、炭水化物(ブドウ糖、乳糖、ショ糖など)の分解形式が酸化か発酵かを判別する酸化対発酵試験(O/Fテスト)法である。炭水化物を最終濃度1%になるようにOF基本培地に加えた半流動培地を2組用意する。試験細菌を穿刺培養したあと、一方の組を好気的に培養し、他方の組を滅菌流動パラフィンの重層で嫌気的に培養する。炭水化物が分解されると産生される酸をpH指示薬で検出し、検出される場所が空気(酸素)に触れる場所ならばその分解は酸化または発酵、触れない場所ならば発酵のみと判断する。Rudolph Hugh; Einar Leifson (1953). “The taxonomic significance of fermentative verus oxidative metabolism of carbohydrates by various Gram-negative bacteria”. Journal of Bacteriology 66 (1): 24-26.
- ^ インテグロン[ 英: integron（英語版） ]：薬剤耐性遺伝子の細菌間の伝播に関与していることが知られている、グラム陰性細菌に広く存在する可動性遺伝因子。島本整 (2003-2004). “病原細菌のゲノム進化におけるレトロンとインテグロンの役割”. 旧ゲノム特定領域 最終報告書データ 領域3 細胞システム解明に向けたゲノム生物学の新展開 pages=282-283.
- 1 シュードモナス属とは
- 2 シュードモナス属の概要
- 3 特徴
- 4 病原性
- 5 食品の腐敗への関連
- 6 参照
- 7 関連項目
固有名詞の分類
- シュードモナス属のページへのリンク
