【診断】(1) 確定診断：細菌学的培養により診断、(2) 臨床的診断：a)糞便、汚染されていない体液、あるいは、b)肺、皮膚、頚部もしくは肺門リンパ節以外の組織から、顕微鏡検査により、結核菌以外の抗酸菌を検出した場合は、非定型抗酸菌症と診断。
【詳しく】 1)抗酸菌培養：生検組織の培養、血液培養など。菌が生えたらRNAを抽出し、液相ハイブリダイゼーション法で確定する。2)最近は直接PCR法を行う。3)クエン酸ガリウムを使ったシンチグラフィで、病気の広がりが診断できる。
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