構造法
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2020/07/24 00:24 UTC 版)
「バーチャルスクリーニング」の記事における「構造法」の解説
構造に基づくバーチャルスクリーニングでは、候補となるリガンドの標的タンパク質への形状から見たはまり具合（ドッキング）の評価と、それに続く結合の強さの数値化により、タンパク質とリガンドの親和性を見積もる。
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構造法は計算量が多いため、コンピュータ・クラスターなどの並列処理が可能なシステムで、Sun Grid EngineやTorque PBSなどのバッチ処理のジョブ管理システムを用いて処理する必要がある。大きな化合物ライブラリからのデータ入力を制御し、平行して計算が行われている複数のノードへ、必要な化合物データを分配する手段が必要となる。一般的なデータベースエンジンでは処理が遅いので、Berkeley DBのような高速なデータベース管理システムが好ましい。さらに、1つのジョブで1つの比較を行うと、各クラスターノードで消費時間が容易に増大して、全体の処理速度が落ちる。この問題を解決するために、結果をある種のログファイルとしてまとめることで、各クラスタージョブでいくつかのバッチを一度に処理させる。全ての計算処理が終わった後、ログファイルを検索して、評価の高い候補化合物を抽出する。
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