構造データの内容
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2020/09/14 09:17 UTC 版)
「蛋白質構造データバンク」の記事における「構造データの内容」の解説
2008年1月22日現在の時点で、PDBのデータベースでは48555構造の分子の3次元構造のデータが公開されている。そのうち44742構造が蛋白質であり、他には核酸、蛋白質核酸複合体、その他の分子構造が、登録されている。ここ数年は、毎年約5000の新しい構造データが登録され公開されている。構造データは、mmCIFという分子構造データを記述するために開発された形式で、格納されている。 注意すべきこととしては、PDBは生体高分子を構成する各原子の厳密な配座の情報を格納しているということである（ただし水素以外の原子については、多くの場合は統計的に配座を推定している）。 例えば生体高分子のシーケンスデータ（特定の蛋白質を生成するための情報を記述したアミノ酸配列や、特定の核酸を構成するヌクレオチド配列）のみに関心がある場合は、Swiss-Protや国際塩基配列データベース (INSD; International Nucleotide Sequence Database; DDBJ/EMBL/GenBank) の、PDBよりさらに大規模な配列データベースを使うべきである。
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