構造トポロジー
出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2021/04/21 18:16 UTC 版)
βシートのトポロジーは、骨格に沿って水素結合しているβストランドの順序を表す。たとえば、フラボドキシンフォールドは、5本ストランドからなるトポロジー21345の平行βシートを持っている。したがって端部ストランドは、骨格に沿ってβストランド2とβストランド5になる。明示的に綴ると、βストランド2はβストランド1とH結合し、βストランド3とH結合し、βストランド4とH結合し、βストランド5とH結合し、その他の端部ストランドと結合する。同系統で、上述のグリークキー・モチーフは、4123のトポロジーを持っている。βシートの二次構造は、ストランドの数、それらのトポロジー、およびそれらの水素結合が平行か逆平行かで大まかに説明できる。 βシートには、開いている(2本の端部ストランドを持つ)ものと(例:フラボドキシンフォールドや免疫グロブリンフォールド)、閉じているβバレルがある(例:TIMバレルなど)。βバレルは、しばしばそれらのずれや傾斜を用いて表現される。 開いたβシートの中には、非常に湾曲していて折り重なるものや(例:SH3ドメイン(英語版))、馬蹄型をしているものもある(例:リボヌクレアーゼ阻害剤)。開いたβシートは、面と面を合わせても(例:βプロペラドメインや免疫グロブリンフォールド)、端と端を合わせても、一つの大きなβシートを形成することができる。
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