ホモロジーモデリングとの比較

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ホモロジーモデリングとの比較

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/04/30 09:38 UTC 版)

「スレッディング (タンパク質)」の記事における「ホモロジーモデリングとの比較」の解説

ホモロジーモデリング（英語版）とタンパク質スレッディングはどちらもテンプレートベースの方法であり、予測技術の観点からは厳密な境界はない。しかし、それらのターゲットのタンパク質構造は異なる。ホモロジーモデリングは、構造がわかっている相同タンパク質（通常/おそらく同じファミリー）があるターゲット用であるのに対し、タンパク質スレッディングは、フォールドレベルの相同性のみが分かっているターゲット用である。言い換えれば、ホモロジーモデリングは「より簡単な」ターゲット用で、タンパク質スレッディングは「より難しい」ターゲット用である。 ホモロジーモデリングでは、アライメント内のテンプレートを配列として扱い、配列相同性のみを予測に使用する。タンパク質スレッディングは、アライメント内のテンプレートを構造として扱い、アライメントから抽出した配列と構造の両方の情報を予測に使用する。有意な相同性が見つからない場合、タンパク質スレッディングは構造情報に基づいて予測を行うことができる。それはまた、多くの場合で、ホモロジーモデリングよりもタンパク質スレッディングの方が効果的であることの説明にもなる。 実際には、配列アライメントにおける配列同一性が低い場合（つまり25%未満）、ホモロジーモデリングでは有意な予測が得られない場合がある。この場合、ターゲットに対して遠方の相同性が見つかれば、タンパク質スレッディングによって適切な予測を生成できる。