| 揖斐川の支川 |
- 新堀川
- 長良川※
- 大山田川
- 沢北川（東川）
- 流石川
- 三砂川
- 新田川
- 肱江川（大杉谷川・落合川・南谷川・奥南谷川・田代川）
- 多度川（赤沢川・赤谷川・落葉川）
- 福江川
- 大江川（東大江川）
- 中江川
- 帆引川
- 山除川
- 長除川（田鶴川・三切川）
- 津屋川（五三川）
- 大榑川（大榑川放水路）
- 牧田川※
- 平野井川（東平野井川）
- 根尾川（花田川・三水川・管瀬川・府内川・根尾東谷川）
- 桂川（白石川）
- 粕川（高橋谷川・長谷川・表川）
- 飛鳥川
- 高知川
- 日坂川
- 坂内川（白川・大谷川・広瀬浅又川）
- 原谷川
- 白谷川
- 上ノ谷川
- シツ谷川
- 西谷川
- 漆谷川
- 磯谷川
- 鬼生谷川
- 扇谷川
- 西赤谷川
| 長良川の支川 | | 犀川の支川 |
- 天王川（中川・天王川放水路）
- 新堀川（高野川・新高野川）
- 五六川（起証田川）
- 宝江川
- 長護寺川
- 政田川
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| 伊自良川の支川 | |
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| 津保川の支川 |
- 関川
- 吉田川
- 蜂屋川
- 詰田川
- 川浦川（大洞川・廿屋川・太市川・納古川）
- 小野川
- 志津野川
- 轡野川
- 祖父川川
- 中之保川
- 水成川
- 武儀倉川
- 小那比川
- 少合川
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| 牧田川の支川 |
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| 可児川の支川 |
- 矢戸川
- 横市川
- 久々利川（姫川・大森川・中郷川）
- 瀬田川
- 比衣川
- 真名田川
- 唐沢川
- 平芝川
- 切木川
- 津橋川
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| 飛騨川の支川 |
- 深渡川
- 雄鳥川
- 飯田川
- 水無瀬川
- 尾賀野川
- 神淵川※
- 白川※
- 佐見川（稲田川・小野日陰川）
- 菅田川
- 馬瀬川※
- 門和佐川
- 竹原川（輪川・乗政川・神梨川・般若川・白山川）
- 山之口川（カジヤ谷川）
- 大ケ洞川
- 小坂川（大洞川・兵衛谷川）
- 無数河川
- 八尺川
- 青屋川（九蔵川）
- 秋神川
- 道後谷川
- 塩蔵川
- 黍生川（小長谷川・脇谷川）
- 日和田川（幕岩川）
| 神淵川の支川 |
- 飯高川
- 葛屋川
- 間見川
- 奥田川（八日市川）
- 葉津川
- 杉洞川
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| 白川の支川 |
- 田代沢川
- 黒川（赤川・栃平川・柿反川）
- 洞山川
- 柏本川
- 西洞川
- 佐広川
- 曲坂川
- 大明神川（新巣川）
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| 馬瀬川の支川 |
- 戸川
- 和良川（土京川・鬼谷川・入間川・貢間川）
- 弓掛川
- 小原川
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| 阿木川の支川 |
- 濁川
- 横町川
- 永田川（田違川・定蓮寺川）
- 定蓮寺川
- 飯沼川
- 岩村川（湯壺川・富田川・吉田川・飯羽間川・一色川）
- 野田川
- 久須田川
- 寺川
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| 付知川の支川 |
- 狩宿川（麦搗川）
- 木積沢川
- 松島川
- 長根川
- 柏原川
- 横川
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| 蘭川の支川 |
- 細野沢
- 男埵川
- 押手沢
- 額付川
- 南沢川
- 鍋割川（桂川）
- 長者畑川
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| 伊那川の支川 |
- 浦川
- 越百川
- けさざわ川（福栃沢）
- 東川本谷川
- カナ沢
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| 王滝川の支川 |
- 本洞川
- 西野川（白川・湯川・鹿ノ瀬川・末川・把の沢川・ヒゲ沢川・冷川・西又川）
- 樽沢
- 大又川
- 溝口川
- 鈴ケ沢
- 鯎川（小俣川）
- 濁沢川
- 下黒沢
- 白谷川（枝川）
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