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田中耕一「マトリックス支援レーザー脱離イオン化質量分析法」『ぶんせき』第256巻、1996年4月5日、 253-261頁、 NAID 10001778161。 田中耕一「良いスペクトルを得るために MALDI-TOFMS」『質量分析』第45巻第1号、1997年2月1日、 113-121頁、 NAID 10016280870。 田中耕一「私のノーベル賞くたくた日記」『文藝春秋』第81巻第2号、2003年2月、 112-124頁、 NAID 40005620427。 LES PRIX NOBEL. Almqvist & Wiksell International (AWI). (2003-10) (英語) 吉田多見男、田中耕一、井戸豊、秋田智史、吉田佳一「たんぱく質が壊れずに飛び出した!! ソフトレーザー脱離イオン化質量分析計開発の経緯」第72巻第8号、2003年8月10日、 NAID 10011629142。 田中耕一 (2014年3月3日), “質量分析:異分野と若手の力が活きている” (プレスリリース), http://www.first-ms3d.jp/files/140301_First_tanaka.pdf
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「神経誘導因子コーディンによる転写因子の調節」『三共生命科学研究振興財団研究報告集』第14巻、1999年10月、 39-47頁。 「遺伝子探訪(10)京都大学再生医科学研究所--21世紀医療の創造をめざして!」『遺伝子医学』第4巻第1号、2000年2月、 178-182頁。 「発生生物学物語:古きを訪ね,新しきを考える(7)ボディープランのマイクロフィルム:オーガナイザーを取り巻く概念と分子」『細胞工学』第19巻第2号、2000年2月、 302-310頁。 「Key Person 笹井芳樹 京都大学再生医科学研究所教授 ES細胞から神経"再生"人での実用化も間近に」『週刊東洋経済』第5690号、2001年4月14日、 92-95頁。大滝俊一、長谷川隆との共著。 「新しい分泌因子Kielinによる眼発生制御の分子解析」『日産科学振興財団研究報告書』第25巻、2002年、 25-28頁。 「胚性幹細胞から神経細胞への試験管内分化誘導」『臨床神経学』第42巻第11号、2002年11月1日、 1142頁。水関健司との共著。 「特別講演 幹細胞医学 - 関西での再生医学研究と連携 -」『日本香粧品科学会誌』第27巻第3号、2003年、 153-157頁。 「ES細胞からの生体パーツ化の試み : 外胚葉組織を中心に」『日本皮膚科学会雑誌』第114巻第3号、2004年3月20日、 388-389頁。 「神経堤細胞の発生制御 : 発生生物学および幹細胞生物学の知見から」『小児がん』第41巻第3号、2004年11月21日、 472頁。 「ES細胞からの生体パーツ化の試み : 試験管内での外胚葉組織分化制御」『日本皮膚科学会雑誌』第114巻第13号、2004年12月10日、 2012-2016頁。 「ヒト多能性幹細胞の分化誘導・移植の技術開発と技術支援のための総合拠点」『再生医療』第7巻第3号、2008年8月、 235-238頁。(特集 iPS細胞研究の最前線 -ヒトiPS細胞等研究拠点整備事業実施機関)。 「理化学研究所神戸研究所の活動 ヒト多能性幹細胞の分化誘導・移植の技術開発と技術支援のための総合拠点」『最新医学』第64巻第802号、2009年3月、 675-687頁。(特集 幹細胞研究の最新の進歩(前篇)多能性幹細胞 - iPS細胞を用いた再生医療実現化に向けて)。 「網膜と下垂体の自己組織化 : 次々世代再生医療への新アプローチ」『最新医学』第67巻第7号、2012年7月、 1750-1757頁。 「発生学 試験管で網膜をつくる」『日経サイエンス』第43巻第2号、2013年2月、 64-69頁。
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「情報理論から見たシステムの同定と推定」『計測と制御』第9巻第4号、1970年4月、276-284頁。 「歩行機械とその制御」『計測と制御』第18巻第1号、1979年1月、44-49頁、宮崎文夫との共著。 「ロボット・アームの自律制御」『計測と制御』第25巻第1号、1986年1月、57-63頁。 「メカトロニクス教育と研究のあり方 ― メカトロニクス小委員会の活動サマリー ―」『学術の動向』第3巻第3号、1998年、46-48頁。 「ロバストネスとパッシヴィティ」『日本ロボット学会誌』第17巻第6号、1999年9月、758-760頁。 「手先技量が獲得できるトレーニング法と物理的根拠」『計測と制御』第40巻第10号、2001年10月、740-746頁。 「ロボットの非線形制御」『日本ロボット学会誌』第23巻第4号、2005年5月、404-407頁。 「ロボットの腕や手の巧みさと制御:リーマン幾何学に基づくアプローチ」『電子情報通信学会 基礎・境界ソサイエティ Fundamentals Review』第2巻第4号、2008年、37-47頁。
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