PubChem
米国NCBIの化学物質データベースで、化学構造情報だけでなく、MeSHや生物学的なアッセイ方法、類似化合物などと関連づけられているのが特徴。
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PubChem
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2026/06/28 08:51 UTC 版)
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PubChemは、化学分子データベースの一つ。このシステムは、アメリカ国立衛生研究所(NIH)の下の国立医学図書館(NLM)の一部門である国立生物工学情報センター(NCBI)によって維持管理されている。ウェブユーザインタフェースを通して自由に接続する事ができ、数百万の化合物構造および記述のデータセットをFTP経由でダウンロードすることが可能である。PubChemに集積されているのは1000原子および1000結合より少ない小さな分子である。
アメリカ化学会(ACS)は、PubChemはChemical Abstractsと競合していると主張し、アメリカ合衆国議会に対してPubChemの運用の制限を求めている[1]。80以上のデータベース供給元がPubChemの増大に寄与している[2]。
データ構成と利用
PubChemの中核は、提供者から寄託された化学物質情報を保持するSubstance、Substanceから抽出・標準化された一意の化学構造を保持するCompound、化学物質を用いた生物学的実験の記述と結果を保持するBioAssayである[3]。Substanceの各レコードには提供者由来の記述が保持され、同一分子について異なる提供者や異なる試料由来のレコードが並存する[3]。Compoundは、PubChemの標準化処理により化学構造を検証・正規化し、同一構造をCIDへ集約するための層として使われる[3]。2024年時点のPubChemは、Substance、Compound、BioAssayに加え、Protein、Gene、Pathway、Cell Line、Taxonomy、Patentなど複数のデータコレクションを相互に結び、タンパク質、遺伝子、代謝経路、生物種、特許文献などから化学物質を参照できる構成をとっていた[4]。2026年6月25日時点の統計ページでは、Compoundが123,927,374件、Substanceが347,121,972件、BioAssayが1,980,553件、Data Sourcesが1,117件とされている[5]。
利用面では、PubChemは化合物名、分子式、構造、識別子などによる検索を提供し、物性、生物活性、安全性・毒性、特許、文献情報をレコードごとに参照できる[6]。データ取得にはウェブ画面に加え、PUG-REST、PUG-View、Entrez Utilities、PubChemRDFなどのプログラムアクセス経路が用意され、PUG-RESTはURLに入力、操作、出力形式を含める形式でデータを取得する[7][8]。PubChemの2025年更新では、文献リストを統合表示するconsolidated literature panel、特許文書中の共起情報を表示するpatent knowledge panel、非離散構造をもつ化学物質の専用ページなどが追加・拡張された[4]。
脚注
- ↑ The American Chemical Society and NIH's PubChem
- ↑ PubChem Substance Data Source Information
- 1 2 3 Kim, Sunghwan; Thiessen, Paul A.; Bolton, Evan E.; Chen, Jie; Fu, Gang; Gindulyte, Asta; Han, Lianyi; He, Jane et al. (2016-01-04). “PubChem Substance and Compound databases”. Nucleic Acids Research 44 (D1): D1202-D1213. doi:10.1093/nar/gkv951.
PMC 4702940
{{PMC}}: CS1メンテナンス: PMCのフォーマット (カテゴリ). PMID 26400175. - 1 2 Kim, Sunghwan; Thiessen, Paul A.; Cheng, Tiejun; Yu, Bo; Bolton, Evan E. (2025-01-06). “PubChem 2025 update”. Nucleic Acids Research 53 (D1): D1516-D1525. doi:10.1093/nar/gkae1059.
- ↑ “PubChem Statistics”. PubChem. 2026年6月27日閲覧。
- ↑ “PubChem”. National Center for Biotechnology Information. 2026年6月27日閲覧。
- ↑ “Programmatic Access”. PubChem. 2026年6月27日閲覧。
- ↑ “PUG REST”. PubChem. 2026年6月27日閲覧。
関連項目
外部リンク
- PubChem - NIH
Pubchem
出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2021/06/26 05:15 UTC 版)
「アメリカ国立生物工学情報センター」の記事における「Pubchem」の解説
NCBIのPubChemデータベースは、分子と生物学的アッセイに関する情報を纏めたデータベースである。PubChemは、Entrez情報検索システムによってアクセスと検索ができる。
※この「Pubchem」の解説は、「アメリカ国立生物工学情報センター」の解説の一部です。
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