累進法とは? わかりやすく解説

累進法

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2014/10/19 20:24 UTC 版)

多重整列」の記事における「累進法」の解説

計算量抑えるためによく使われているヒューリスティクスが、累進法とよばれる階層的に多重整列求め方法である。まず総当たりペアワイズアラインメント行って「ガイドツリー」と呼ばれる近似的な系統樹作り、最もよく似たペアから始めて段階的に配列付け加えていく。ガイドツリーは近隣結合法ないし非加重結合法による階層型クラスタリングによって作られる。 累進法で求め多重整列は大域的に最適であることを保証されない配列付け加えていく過程局所最適な整列が行われると、それが以降最後まで維持されてしまう。また最初に作られるペアワイズアラインメント依存しているため、類似性が低い配列に対して実施するとうまく機能しないという問題もある。比較新しアルゴリズムでは多重整列評価関数非線形的な補正加えることで精度上げているものが多い。 しかし累進法は、比較多量配列数百から数千に対して現実的な時間計算終えることができる。頻用されているのはClustalシリーズで、様々な機関webサーバー上で多重整列計算できるように提供している。T-CoffeeはClustalよりも時間がかかるが、類似性が低い配列に対して一般的により良いアラインメント求めることができる。

※この「累進法」の解説は、「多重整列」の解説の一部です。
「累進法」を含む「多重整列」の記事については、「多重整列」の概要を参照ください。

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