OpenBabel

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Open Babel

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2025/01/13 14:39 UTC 版)

Open Babel

開発元	Open Babel development team
初版	2005年6月2日 (19年前) (2005-06-02)
最新版	3.1.1 / 2021年5月9日 (3年前) (2021-05-09)
リポジトリ	github.com/openbabel/openbabel
プログラミング 言語	C++ (wxWidgets[1])
対応OS	Windows, macOS, Linux, Android
プラットフォーム	IA-32, x86-64
対応言語	英語
サポート状況	Active
種別	ケモインフォマティクス、分子モデリング
ライセンス	GPL 2.0
公式サイト	openbabel.org
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Open Babelは 自由ソフトウェアであり、主に化学構造ファイルフォーマット（英語版）を変換するために用いられる化学ツールである^[2] 。情報学との関連が強いため、このプログラムは分子モデリング（英語版）というよりはケモインフォマティクスに属するものといえる。Windows、UNIX、Linux、macOS、Androidで利用可能で、GNU GPL 2.0ライセンスのもとで配布されている。

このプロジェクトでは、「Open Babelが、クロスプラットフォームなプログラムとして、ユーザーと開発者をともに支援するコミュニティ指向の科学的プロジェクトとなり、ファイル形式とデータの内部変換を含む分子構造モデリング（英語版）、化学、その他の多くの関連分野を支援するように設計されたライブラリとなる」ことを目標と掲げている。

歴史

Open BabelとJOELib（英語版）はOELib（英語版） ケモインフォマティクスライブラリから派生した。同様にOELib（英語版）は、元の化学プログラム Babel と"OBabel"と呼ばれる非公開のオブジェクト指向ライブラリにあったアイディアを基本にしていた。

主な機能

• 110種以上の化学構造ファイルフォーマット（英語版）をサポート
  • 相互変換
  • 分子探索
  • キラリティの検出
  • 分子の重ね合わせ
• R・C++・C#・Java・Perl・Python・Ruby・Scalaインターフェイス
• SMARTS記法を用いた部分構造フィルタリング
• 分子動力学法による構造最適化
• 水素原子の付加・削除
• フィンガープリント計算

脚注

1. ^ “Debian -- Details of package openbabel-gui in jessie”. 2017年3月10日閲覧。
2. ^ O'Boyle, N. M.; Banck, M.; James, C. A.; Morley, C.; Vandermeersch, T.; Hutchison, G. R. (2011). “Open Babel: An open chemical toolbox”. Journal of Cheminformatics 3: 33. doi:10.1186/1758-2946-3-33. PMC 3198950. PMID 21982300. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3198950/. 

参考文献

• The Blue Obelisk-Interoperability in Chemical Informatics, Rajarshi Guha, Michael T. Howard, Geoffrey R. Hutchison, Peter Murray-Rust, Henry Rzepa, Christoph Steinbeck, Jörg K. Wegner, and Egon L. Willighagen, J. Chem. Inf. Model.; 2006; doi:10.1021/ci050400b

関連項目

ポータル FLOSS

• 化学データベース
• Ghemical（英語版） - Openbabelに基づいた分子力学プログラム
• JOELib（英語版） - OpenBabel/OELib（英語版）のJava版
• XDrawChem - OpenBabelに基づいた2D 描画プログラム
• 分子モデリングソフトウェア（英語版）
• Blue Obelisk（英語版）

外部リンク

• OpenBabelホームページ
• blueobelisk.org
• E-BABEL 対話式のOpenBabel - Virtual Computational Chemistry Laboratory
• Online Molecule Format Converter
• Geoff Hutchison(プロジェクトの先導的開発者)のポッドキャストでのインタビュー chemCast Episode 003
• Design flaws in OELib

表 話 編 歴 計算化学ソフトウェア
ケモインフォマティクス	オープンソース Avalon Cheminformatics Toolkit Bioclipse Blue Obelisk Chemistry Development Kit ECCE JOELib OELib Open Babel RDKit プロプリエタリ Canvas Chemicalize Discovery Studio
化学反応速度論	オープンソース APBS Cantera KPP プロプリエタリ Autochem Chemical WorkBench CHEMKIN COSILAB DelPhi Khimera
分子モデリングおよび可視化	分子グラフィックスシステムの一覧 オープンソース Ascalaph Designer Avogadro BALL Biskit CPMD Gabedit Ghemical Jmol Molekel PyMOL QuteMol RasMol プロプリエタリ Abalone ACD/ChemSketch Atomistix ToolKit ChemDraw EzMol Gaussian HyperChem Maestro MarvinSketch MarvinView MODELLER Molecular Operating Environment Spartan UCSF Chimera VMD
分子ドッキング	タンパク質-リガンドドッキングソフトウェアの一覧 オープンソース AutoDock AutoDock Vina FlexAID rDock プロプリエタリ Glide Molecular Operating Environment
分子動力学	オープンソース GROMACS LAMMPS OpenMM PLUMED プロプリエタリ Abalone AMBER CHARMM Desmond GROMOS NAMD
量子化学	量子化学および固体物理計算ソフトの一覧 オープンソース ABINIT ACES（英語版） (CFOUR) AIMAll（英語版） BigDFT（英語版） CONQUEST（英語版） CP2K DACAPO Dalton（英語版） Dirac（英語版） DP code（英語版） FreeON（英語版） HORTON（英語版） MADNESS（英語版） MPQC（英語版） NWChem（英語版） Octopus PSI PyQuante（英語版） PySCF（英語版） Quantum ESPRESSO (PWscf) RMG SAMSON SIESTA（英語版） VB2000 YAMBO code（英語版） Proprietary ADF AMPAC DMol3 CADPAC CASINO CASTEP COLUMBUS CONQUEST CPMD CRUNCH CRYSTAL DIRAC Firefly GAMESS (UK) GAMESS (US) Gaussian Jaguar MOLCAS MOLPRO MOPAC ONETEP OpenAtom ORCA PARSEC PLATO PQS Q-Chem Quantemol Scigress Spartan TeraChem TURBOMOLE VASP WIEN2k XMVB
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その他	Aqion Eulim EXC code GenX GSim ICM (ICM-Browser) Materials Studio Molden OpenChrom RubyChem SASHIMI