Visual_Molecular_Dynamicsとは？わかりやすく解説

VMD
	VMD 1.8.3のスクリーンショット
作者	イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校
最新版	1.9.2 / 2014年12月
対応OS	Mac OS X, Unix, Windows
種別	分子モデリング
ライセンス	VMD License (non-free)
公式サイト	VMD web site
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Visual molecular dynamics（ビジュアル・モレキュラー・ダイナミクス、略称: VMD）は、分子モデリングならびに可視化コンピュータプログラムである。VMDは分子動力学シミュレーションの結果を眺め、解析するためのツールとして主に開発されたが、容積データや配列データ、任意のグラフィックオブジェクトを扱うためのツールも含まれている。分子の光景はPOV-RayやRenderMan、Tachyon、VRML、その他多くの外部レンダリングツールへ出力できる。VMDは組み込みTclおよびPythonインタプリタを含んでいるため、利用者はVMD内で自身のTClおよびPythonスクリプトを走らせることができる。VMDは無償で入手可能であり、ソースコードを含むが、ライセンスは非フリーである。

歴史

VMDはイリノイ大学およびベックマン研究所の理論・計算物理学グループによって開発されている。VRChemと呼ばれるオリジナル版は1992年にMike Krogh、Bill Humphrey、Rick Kufrinによって開発された^[1]。VMDの最初のバージョンはWilliam Humphrey、Andrew Dalke、Ken Hamer、Jon Leech、James Phillipsによって書かれ、1995年にリリースされた^[1]。VMDの最初期のバージョンはシリコングラフィックスのワークステーションのために開発され、CAVE内でも動作でき、NAMDシミュレーションと通信できた^[2]。VMDのオリジナル開発者らが次のキャリアに移った後、Sergei Izrailevが1998年までプログラムのメンテナンスを引き継いだ。1998年、John StoneがVMDの主開発者となり、VMDをその他多くのUnivオペレーティングシステムへ移植し、最初のフル機能OpenGLバージョンを完成させた。Microsoft WindowsプラットフォームのためのVMDの最初のバージョンは1999年にリリースされた。2001年、Justin Gullingsrud、Paul Grayson、John Stoneが触覚フィードバック・デバイスのためのサポートを追加し、双方向性の分子動力学シミュレーションを行うためのVMDとNAMDとの間のインタフェースをさらに発展させた^[3]。続く開発において、Jordi Cohen、Gullingsrud、Stoneはグラフィックユーザインタフェースを完全に書き直し、容積データの表示および加工のためのビルトインサポートを追加し、OpenGL Shading Languageを初めて使用した。

プロセス間通信

VMDはその他のプログラムとTcl/Tkを介して通信できる。

脚注

^ ^a ^b “VMD Release History”. 2015年7月16日閲覧。
^ Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. (1996). “VMD: Visual molecular dynamics”. J. Mol. Graph. 14 (1): 33–38. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5.
^ Stone, J. E.; Gullingsrud, J.; Schulten, K. (2001). “A system for interactive molecular dynamics simulation”. I3D '01 Proceedings of the 2001 symposium on Interactive 3D graphics: 191-194. doi:10.1145/364338.364398.

参考文献

Humphrey, W; Dalke, A; Schulten, K (1996). “VMD: visual molecular dynamics.”. J. Molec. Graphics 14: 33–38. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5.

外部リンク

[release-1] “VMD Release History”. 2015年7月16日閲覧。

[2] Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. (1996). “VMD: Visual molecular dynamics”. J. Mol. Graph. 14 (1): 33–38. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5.

[3] Stone, J. E.; Gullingsrud, J.; Schulten, K. (2001). “A system for interactive molecular dynamics simulation”. I3D '01 Proceedings of the 2001 symposium on Interactive 3D graphics: 191-194. doi:10.1145/364338.364398.

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