パラメータセット
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「AMBER (分子動力学)」の記事における「パラメータセット」の解説
AMBER力場を使うためには、力場のパラメータ(例えば力の定数や平衡結合長、平衡結合角度、電荷)に対する値を持っている必要がある。かなりの数のパラメータセットが存在し、AMBERソフトウェアユーザーマニュアルに詳細に記述されている。個々のパラメータセットは名称があり、特定の種類の分子に対するパラメターを与える。 ペプチドやタンパク質、核酸のパラメータは、"ff" で始まり2桁の年数を含む名称のパラメータセット(例えば "ff99")によって与えられる。 GAFF(General AMBER force field)は、生体分子と共に薬物や小分子リガンドのシミュレーションを容易にするために小有機分子のためのパラメータを与える。 GLYCAM力場は炭水化物のシミュレーションのためにRob Woodsによって開発された。
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パラメータセット
出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2019/10/09 15:40 UTC 版)
以下にGROMOS力場に基づく力場パラメータセットの一部を示す。Aバージョンはタンパク質、ヌクレオチド、糖の水溶液または非極性溶液に適用される。Bバージョンは孤立した分子(気相)に対して適用される。
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