原子位置の二乗平均平方根偏差
出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2023/04/29 07:14 UTC 版)
原子位置の二乗平均平方根偏差(げんしいちのにじょうへいきんへいほんこんへんさ、英語: root-mean-square deviation of atomic positions)とは、タンパク質あるいはその他の分子の構造同士の距離の二乗平均平方根であり、バイオインフォマティクスにおいてこれらの類似性を示す指標である。単に二乗平均平方根偏差 、英語の略記でRMSDとも。
- ^ a b “Molecular docking, estimating free energies of binding, and AutoDock's semi-empirical force field” (英語). Sebastian Raschka's Website (2014年6月26日). 2016年6月7日閲覧。
- ^ “RMSD”. Protein Data Bank Japan. 2021年5月4日閲覧。
- ^ “Using quaternions to calculate RMSD”. J Comput Chem 25 (15): 1849–1857. (2004). doi:10.1002/jcc.20110. PMID 15376254.
- ^ Kabsch W (1976). “A solution for the best rotation to relate two sets of vectors”. Acta Crystallographica 32 (5): 922–923. Bibcode: 1976AcCrA..32..922K. doi:10.1107/S0567739476001873.
- ^ “The Procrustes Program: Producing direct rotation to test a hypothesized factor structure”. Behavioral Science 7 (2): 258–262. (1962). doi:10.1002/bs.3830070216.
- ^ Petitjean M (1999). “On the Root Mean Square quantitative chirality and quantitative symmetry measures”. Journal of Mathematical Physics 40 (9): 4587–4595. Bibcode: 1999JMP....40.4587P. doi:10.1063/1.532988 .
- ^ Petitjean M (2002). “Chiral mixtures”. Journal of Mathematical Physics 43 (8): 185–192. Bibcode: 2002JMP....43.4147P. doi:10.1063/1.1484559 .
- ^ 古明寺勇人; 上林正巳; 長嶋雲兵 (2000). “生体分子の分子動力学シミュレーション (1)方法”. Journal of Chemical Software 6 (1): 1-36. doi:10.2477/jchemsoft.6.1.
- ^ a b 藤博幸『よくわかるバイオインフォマティクス入門』講談社、2018年11月、247頁。ISBN 9784065138212。
- ^ シンシア・ギバス; パー・ジャンベック 著、水嶋洋 訳『実践バイオインフォマティクス ゲノム研究のためのコンピュータスキル』オライリー・ジャパン、2002年、42頁。ISBN 4873110688。
- ^ Jewett AI, Huang CC, Ferrin TE (2003). “MINRMS: an efficient algorithm for determining protein structure similarity using root-mean-squared-distance”. Bioinformatics 19 (5): 625–634. doi:10.1093/bioinformatics/btg035. PMID 12651721 .
- ^ “The iRMSD: a local measure of sequence alignment accuracy using structural information”. Bioinformatics 22 (14): e35–39. (2006). doi:10.1093/bioinformatics/btl218. PMID 16873492 .
- 1 原子位置の二乗平均平方根偏差とは
- 2 原子位置の二乗平均平方根偏差の概要
- 3 関連項目
- 原子位置の二乗平均平方根偏差のページへのリンク